24小时热门版块排行榜    

查看: 3982  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

[求助] 原来编译的siesta突然不能用,重新编译没错,运行出错

前几天才尝试用gfortran和mpich2编译siesta,通过了,并且在test目录和example、目录下都能够计算得到差不多的结果。由于当时安装的mpich2用的是mpd,后来改用新版的mpich2换hydra作为进程调度的系统,于是重新编译了一下:这次尝试用ifort10+mpich2,编译过程没什么错误,但是在test目录下make,得到的错误如下:
CODE:
[zhoulin@cluster h2o]$ make
>>>> Running h2o test...
    ==> Copying pseudopotential file for H...
    ==> Copying pseudopotential file for O...
    ==> Running SIESTA as ../../../Src/siesta
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002B54A3C4CF8F  Unknown               Unknown  Unknown
make: *** [completed] Error 174

于是我将可执行文件拷贝到第一次正确运行(gfortran编译成功那次)的目录,再次  ./siestaCODE:
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
Species number:            1  Label: O Atomic number:           8
Species number:            2  Label: H Atomic number:           1
Ground state valence configuration:   2s02  2p04
Reading pseudopotential information in formatted form from O.psf
Semicore shell(s) with -5 electrons included in the valence for
O
Ground state valence configuration:   1s01
Reading pseudopotential information in formatted form from H.psf
O                    must be in PAO.Basis (it has semicore states)
Stopping Program from Node:    0
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
[unset]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0

不明白啊,为啥编译没问题,运行却出错??

还有曾经还编译出一个版本,在前台可以算,rocks集群系统交到后台有进程,但是不计算,郁闷啊。

求教。

[ Last edited by hnuzhoulin on 2011-7-19 at 16:02 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

first principle

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by guohuazhong at 2011-07-25 09:49:54:
贴出你 的arch.make,看看

抱歉,对应的文件在科大,没带回来。。明天贴出来。。

我觉得编译没问题,因为在前台是可以算的啊,是不死MPI的问题,
10楼2011-08-04 09:12:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

identation

金虫 (著名写手)

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-07-21 13:23:59
这个程序真是让人纠结 安装相对于用户这么不友好 我为了装它导致其他程序都无法运行了 还得重装系统
2楼2011-07-19 20:22:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by identation at 2011-07-19 20:22:05:
这个程序真是让人纠结 安装相对于用户这么不友好 我为了装它导致其他程序都无法运行了 还得重装系统

哎,确实啊。
我是帮人编译,不用他的,问题多多。。
3楼2011-07-20 11:09:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖


贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-07-20 13:55:57
hnuzhoulin(金币+5): 2011-07-20 16:14:00
貌似mkl库的问题。
linux就是通过牺牲用户体验的方式来保证程序在不同的CPU上都能够高效率运行。设计理念与windows是完全不同的。
4楼2011-07-20 11:59:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:52 by o3EMxHUAQDtS
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:40 by o3EMxHUAQDtS
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 4/200 2026-09-01 01:30 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
请填处理意见