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zhangzhaojin

金虫 (初入文坛)

[求助] siesta编译

`FoX/FoX-config --libs --wcml` -L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core -L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide  
/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t/libmkl_scalapack_lp64.a: could not read symbols: File format not recognized
make: *** [siesta] 错误 1
在make时 出现这个问题 我在lib里发现有libmkl_scalapack_lp64.a 但为什么会出现这种情况 请指点 谢谢
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1楼 2011-10-27 20:33:21
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-10-31 20:59:54
诶，肯定是库文件问题，
楼主贴一下arch.make文件出栏看看吧
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zhangzhaojin
2楼2011-10-31 14:12:23
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zhangzhaojin

金虫 (初入文坛)
★ ★
送鲜花一朵
fzx2008(金币+2): 谢谢指教 2011-11-01 21:46:10
引用回帖:
2楼: Originally posted by hnuzhoulin at 2011-10-31 14:12:23:
诶，肯定是库文件问题，
楼主贴一下arch.make文件出栏看看吧

#  
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996- .
#  
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=Ifort(10.1.021)+MKL(10.0.2.018)+OpenMPI(1.2.6)@openSUSE-10.3_X86-64

FPP=
FPP_OUTPUT=  
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS= -O2 -i-static   
FFLAGS_DEBUG= -g
LDFLAGS=-Vaxlib
FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64
-lmkl_intel_lp64 -lguide
LAPACK_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_sequential
-lmkl_core
BLACS_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t
-lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t
-lmkl_scalapack_lp64

COMP_LIBS=

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS)
$(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE= libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/home/hu/software/openmpi-1.2.6/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  
$<
.F90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<  
.f.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<
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3楼2011-11-01 10:39:05
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zhangzhaojin(金币+2): 2011-11-01 18:53:22
fzx2008(金币+1): 谢谢交流 2011-11-01 21:45:49
COMP_LIBS=dc_lapack.a  liblapack.a libblas.a
SCALAPACK_LIBS=-L/home/zhn/intel/mkl/10.1.0.015/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -pthread

第一句你加一下，第二个的话其实最后一个-pthread不加没什么的，你姑且加一下吧。
然后我要说的是你的openmpi是用ifort编译的吗？

mpif90 -v 输出是什么？
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4楼2011-11-01 13:14:47
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zhangzhaojin

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hnuzhoulin at 2011-11-01 13:14:47:
COMP_LIBS=dc_lapack.a  liblapack.a libblas.a
SCALAPACK_LIBS=-L/home/zhn/intel/mkl/10.1.0.015/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -pthread

第一句你加一下，第二个的话其实最后一个-pthread不加没什么的， ...

照您的方法试了一下 还是一样的错误 另外那个mpif90 -v 输出是version 10.1
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5楼2011-11-01 18:52:59
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
贺仪(金币+1): 多谢建议 2011-11-02 13:54:56
zhangzhaojin(金币+2): 2011-11-02 14:56:19
晕，那么你的openmpi是用ifort编译的吗？？

这里给你找了一个文档，你对照着在试一次吧
http://115.com/file/dnedhsiz#
Siesta-TranSiesta-Smeagol-ATK安装笔记.pdf

最好是删除，重新解压再编译
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6楼2011-11-02 12:33:21
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
zhangzhaojin(金币+2): 2011-11-02 14:56:28
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-11-03 20:14:12
改里面的为这个试试：

BLAS_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64  -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -lguide -pthread
LAPACK_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core
SCALAPACK_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
7楼2011-11-02 13:54:27
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zhangzhaojin

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hnuzhoulin at 2011-11-02 12:33:21:
晕，那么你的openmpi是用ifort编译的吗？？

这里给你找了一个文档，你对照着在试一次吧
http://115.com/file/dnedhsiz#
Siesta-TranSiesta-Smeagol-ATK安装笔记.pdf

最好是删除，重新解压再编译

我就是照着这个安装笔记一步步做的 结果出现了这个问题  我在想想是不是机器的原因
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8楼2011-11-02 14:40:40
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zhangzhaojin

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-02 13:54:27:
改里面的为这个试试：

BLAS_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64  -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -lguide -pthread
LAPACK_LIBS=-L/home/hu/intel/mkl/10.0.2.01 ...

我试了一下 还是一样的错误 但还是谢谢你啊
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9楼2011-11-02 14:57:09
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-11-03 20:15:15
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhangzhaojin at 2011-11-02 14:57:09:
我试了一下 还是一样的错误 但还是谢谢你啊

晕，没道理啊。
你把mkl库重新安装一下试一试？
或者自己下载库自己编译库文件试一试？

这些库都比较容易编译的啦。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2420318&fpage=1
这里有喔，可以试一试
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10楼2011-11-03 09:50:33
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