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836449366

金虫 (小有名气)

[求助] 集群和进程的问题

你好，我有几个问题要问：
1.集群有多少个核数怎样知道？
2.qstat -n后会看到cc02/17+cc02/18, 这个又指的是什么？
3. pbs脚本中，nodes=N:ppn=M, 这个结点，处理器，与核数，进程数有什么关系？
4.pbs脚本中，怎样设置使得任务在指定的计算节点上计算？
5.gjf文件中设置的mem,noprc与pbs脚本上设置的nodes,ppn有什么联系？两者怎样设置才能最大效率的使用集群？
求大神帮忙！
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1楼 2013-09-30 17:51:51
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QHxwzs

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-02 09:15:40
1. a: cat /proc/cpuinfo
    b: top 下按 1
2. job在使用 cc02的17 和 18 两个cpu
3. N＝请求的节点数   M＝请求的cpu数目    至实际使用了多少要看mpirun后面的参数
4. nodes＝nodename:ppn=cpunumber
  比如cc02上用2个cpu   nodes＝cc02:ppn=2
5.不懂gjf
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2楼2013-10-01 01:10:45
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836449366

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by QHxwzs at 2013-10-01 01:10:45
1. a: cat /proc/cpuinfo
    b: top 下按 1
2. job在使用 cc02的17 和 18 两个cpu
3. N＝请求的节点数   M＝请求的cpu数目    至实际使用了多少要看mpirun后面的参数
4. nodes＝nodename:ppn=cpunumber
  比如 ...

谢谢你的回答，
第三个问题能不能具体点, nodes=N:ppn=M, N是请求的节点数；M是请求的cpu数目，我想问的是，M最大能够设置多大？还有什么叫做节点？
第五个问题，不知道大神用过量子化学的高斯软件没有？如果没用过，不懂也是正常，我就简单说说，gjf文件是输入文件，里面有个设置是这样的，%mem=200mw，%nproc=4，我的问题是输入文件中的mem,noprc与pbs脚本上设置的nodes,ppn有什么联系？两者怎样设置才能最大效率的使用集群？
谢谢大神！
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3楼2013-10-04 21:23:10
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xiaoluoj

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2013-10-06 09:42:47
N＝请求的节点数   M＝请求的cpu数
一个节点是有多个核的，比如我们实验室用的服务器是6个节点，一个节点包含12个核，也就是12个cpu。如果N=2，M=12，那么总共有2x12=24个cpu参与计算
一般情况下是要充分利用每个节点的，你可以pbsnodes | more看下每个节点。例如你所提到的cc02就是一个节点，而cc02/0，cc02/1，cc02/2……数下就知道每个节点的核心数了，尽量将M设置为最大核心数
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4楼2013-10-05 18:45:40
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