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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » ADF/Dalton » ADF在linux下安装的并行设置
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] ADF在linux下安装的并行设置

一般的设置都不会出问题，也不会提示出错，但是发现了ADF运行的一个奇怪的地方：
在任务刚开始运行的时候是一个核在计算的，然后在特定的阶段才会使用设定NSCM的核数进行算。

以前在一个集群里面有这个问题，就使用自带的ADF的mpi，问题就解决了。从一开始就是按照设定的NSCM计算的，速度有了明显的提升，mpi部分设置是这样的：
export PATH=$PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/lib/linux_amd64
export MPIRUN_OPTIONS=-TCP
其他设置见2楼
这个服务器是suse系统的

后来买了个新的集群，安装的都是CentOS。因为知道adf这个问题，所以最开始在提交任务的脚本中就设置使用a自带的mpi，也没什么问题。
但是最近由于使用vasp等软件，把环境变量改动了一部分，分别换了openmpi和intelmpi。后来又用到adf，就又把环境变量换回来了，但是问题就出现了！每个任务一开始很长时间都只有一个adf进程在算，运行一段时间后，才使用设定的核数计算。计算任务也可以正常算完，但是计算慢了很多。
我把环境变量中PATH和LD_LIBRARY_PATH都清空，然后重新设置。但是问题还是没有解决。特向大家求助！希望用过adf的同志们帮帮忙！谢谢！
也欢迎交流，参与讨论就有BB，解决问题的答案还有更多额外的奖励。

[ Last edited by 贺仪 on 2012-6-24 at 21:18 ]
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
1楼2012-06-24 20:47:53
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/adf2010.02
#export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/2007/adf2007.01
export PATH=$PATH:$ADFHOME/bin
export ADFBIN=$ADFHOME/bin
export ADFRESOURCES=$ADFHOME/atomicdata
export SCMLICENSE=$ADFHOME/license.txt
export SCM_TMPDIR=/tmp
export SCM_RESULTDIR=$ADFHOME/result
export NSCM=12
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2012-06-24 20:49:48
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wntc

木虫 (正式写手)
★ ★
gmy1990: 金币+2 2012-06-25 11:20:22
需要设置这么多么，我这似乎souce一下adfrc.sh就好了
My jobs 144803 are running on node71
  PID TTY          TIME CMD
27938 ?        00:00:00 bash
27966 ?        00:00:00 bash
27972 ?        00:00:00 job1.run
27973 ?        00:00:00 adf
27987 ?        00:00:00 runscript
28012 ?        00:00:00 start
28018 ?        00:00:00 mpirun.mpich
28021 ?        00:00:00 mpid
28135 ?        00:19:37 adf.exe
28136 ?        00:19:37 adf.exe
28137 ?        00:19:37 adf.exe
28138 ?        00:19:37 adf.exe
28139 ?        00:19:36 adf.exe
28140 ?        00:19:37 adf.exe
28141 ?        00:19:38 adf.exe
28142 ?        00:19:36 adf.exe
29642 ?        00:00:00 ps
My jobs 144804 are running on node72
  PID TTY          TIME CMD
19894 ?        00:00:00 bash
19922 ?        00:00:00 bash
19928 ?        00:00:00 job2.run
19929 ?        00:00:00 adf
19943 ?        00:00:00 runscript
19968 ?        00:00:00 start
19974 ?        00:00:00 mpirun.mpich
19977 ?        00:00:00 mpid
20091 ?        00:19:38 adf.exe
20092 ?        00:19:37 adf.exe
20093 ?        00:19:38 adf.exe
20094 ?        00:19:38 adf.exe
20095 ?        00:19:38 adf.exe
20096 ?        00:19:38 adf.exe
20097 ?        00:19:37 adf.exe
20098 ?        00:19:36 adf.exe
21598 ?        00:00:00 ps
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3楼2012-06-24 22:04:44
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wntc at 2012-06-24 22:04:44
需要设置这么多么，我这似乎souce一下adfrc.sh就好了
My jobs 144803 are running on node71
  PID TTY          TIME CMD
27938 ?        00:00:00 bash
27966 ?        00:00:00 bash
27972 ?        00:00: ...

这个不够的，我也试过了不行的，
后来看了里面的详细内容，其实就是我设置的其中几项
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
4楼2012-06-24 22:14:12
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wntc

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-06-24 22:14:12
这个不够的，我也试过了不行的，
后来看了里面的详细内容，其实就是我设置的其中几项...

系统的差别，不清楚！
这里用的是红帽没有发现上述问题
Linux node60 2.6.9-67.ELsmp #1 SMP Wed Nov 9 13:56:44 EST 2007 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
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5楼2012-06-25 10:56:20
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wntc at 2012-06-25 10:56:20
系统的差别，不清楚！
这里用的是红帽没有发现上述问题
Linux node60 2.6.9-67.ELsmp #1 SMP Wed Nov 9 13:56:44 EST 2007 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux...

系统是有差别，但内核一样的，只要设置好都不会有问题的，
集群不是我一个人用，肯定不能重装系统的
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
6楼2012-06-25 17:04:30
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
把需要的东西， 写在各自的脚本里面。
在脚本里面单独设定调用的东西。
也可以单独设定PATH等， 仅仅对当前的SHELL进程有效哦。
可以如此尝试一下哦。
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
7楼2012-06-27 21:19:56
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by abbott at 2012-06-27 21:19:56
把需要的东西， 写在各自的脚本里面。
在脚本里面单独设定调用的东西。
也可以单独设定PATH等， 仅仅对当前的SHELL进程有效哦。
可以如此尝试一下哦。

嗯 我的adf设置是放在提交任务的脚本里面的。但是.bashrc里面有其他的软件设置，就设置了一个公共的mpi。换了几次后，虽然adf的脚本设置没有改变但是计算的速度变慢了，不知道怎么回事呀
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
8楼2012-06-27 21:54:32
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
怎么都不选择应助呢？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
9楼2012-06-27 21:54:54
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