应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » ADF/Dalton » ADF在linux下安装的并行设置
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 1522  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] ADF在linux下安装的并行设置

一般的设置都不会出问题，也不会提示出错，但是发现了ADF运行的一个奇怪的地方：
在任务刚开始运行的时候是一个核在计算的，然后在特定的阶段才会使用设定NSCM的核数进行算。

以前在一个集群里面有这个问题，就使用自带的ADF的mpi，问题就解决了。从一开始就是按照设定的NSCM计算的，速度有了明显的提升，mpi部分设置是这样的：
export PATH=$PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/lib/linux_amd64
export MPIRUN_OPTIONS=-TCP
其他设置见2楼
这个服务器是suse系统的

后来买了个新的集群，安装的都是CentOS。因为知道adf这个问题，所以最开始在提交任务的脚本中就设置使用a自带的mpi，也没什么问题。
但是最近由于使用vasp等软件，把环境变量改动了一部分，分别换了openmpi和intelmpi。后来又用到adf，就又把环境变量换回来了，但是问题就出现了！每个任务一开始很长时间都只有一个adf进程在算，运行一段时间后，才使用设定的核数计算。计算任务也可以正常算完，但是计算慢了很多。
我把环境变量中PATH和LD_LIBRARY_PATH都清空，然后重新设置。但是问题还是没有解决。特向大家求助！希望用过adf的同志们帮帮忙！谢谢！
也欢迎交流，参与讨论就有BB，解决问题的答案还有更多额外的奖励。

[ Last edited by 贺仪 on 2012-6-24 at 21:18 ]
回复此楼

» 本帖@通知

@abbott @bay__gulf @beefly @bingmou @buct2010 @coolrainbow @csfn @dubo @小红豆 ... 查看更多

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
嘟啦啦嘟啦啦嘟
1楼 2012-06-24 20:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wntc at 2012-06-25 10:56:20
系统的差别，不清楚！
这里用的是红帽没有发现上述问题
Linux node60 2.6.9-67.ELsmp #1 SMP Wed Nov 9 13:56:44 EST 2007 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux...

系统是有差别，但内核一样的，只要设置好都不会有问题的，
集群不是我一个人用，肯定不能重装系统的
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
6楼2012-06-25 17:04:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/adf2010.02
#export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/2007/adf2007.01
export PATH=$PATH:$ADFHOME/bin
export ADFBIN=$ADFHOME/bin
export ADFRESOURCES=$ADFHOME/atomicdata
export SCMLICENSE=$ADFHOME/license.txt
export SCM_TMPDIR=/tmp
export SCM_RESULTDIR=$ADFHOME/result
export NSCM=12
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2012-06-24 20:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wntc

木虫 (正式写手)
★ ★
gmy1990: 金币+2 2012-06-25 11:20:22
需要设置这么多么，我这似乎souce一下adfrc.sh就好了
My jobs 144803 are running on node71
  PID TTY          TIME CMD
27938 ?        00:00:00 bash
27966 ?        00:00:00 bash
27972 ?        00:00:00 job1.run
27973 ?        00:00:00 adf
27987 ?        00:00:00 runscript
28012 ?        00:00:00 start
28018 ?        00:00:00 mpirun.mpich
28021 ?        00:00:00 mpid
28135 ?        00:19:37 adf.exe
28136 ?        00:19:37 adf.exe
28137 ?        00:19:37 adf.exe
28138 ?        00:19:37 adf.exe
28139 ?        00:19:36 adf.exe
28140 ?        00:19:37 adf.exe
28141 ?        00:19:38 adf.exe
28142 ?        00:19:36 adf.exe
29642 ?        00:00:00 ps
My jobs 144804 are running on node72
  PID TTY          TIME CMD
19894 ?        00:00:00 bash
19922 ?        00:00:00 bash
19928 ?        00:00:00 job2.run
19929 ?        00:00:00 adf
19943 ?        00:00:00 runscript
19968 ?        00:00:00 start
19974 ?        00:00:00 mpirun.mpich
19977 ?        00:00:00 mpid
20091 ?        00:19:38 adf.exe
20092 ?        00:19:37 adf.exe
20093 ?        00:19:38 adf.exe
20094 ?        00:19:38 adf.exe
20095 ?        00:19:38 adf.exe
20096 ?        00:19:38 adf.exe
20097 ?        00:19:37 adf.exe
20098 ?        00:19:36 adf.exe
21598 ?        00:00:00 ps
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-24 22:04:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wntc at 2012-06-24 22:04:44
需要设置这么多么，我这似乎souce一下adfrc.sh就好了
My jobs 144803 are running on node71
  PID TTY          TIME CMD
27938 ?        00:00:00 bash
27966 ?        00:00:00 bash
27972 ?        00:00: ...

这个不够的，我也试过了不行的，
后来看了里面的详细内容，其实就是我设置的其中几项
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
4楼2012-06-24 22:14:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 272分材料子求调剂 +41 Loy0361 2026-04-10 54/2700 2026-04-14 18:00 by lhj2009
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +6 喽哈加油 2026-04-13 6/300 2026-04-14 16:40 by zhouxiaoyu
[考研] 材料复试求调剂 +24 xhhdjdjsjks 2026-04-09 24/1200 2026-04-13 15:49 by 幸免 ..
[考研] 考研二轮调剂 +10 故人?? 2026-04-09 10/500 2026-04-13 09:55 by szhize
[考研] 求调剂 +16 张番茄不炒蛋 2026-04-10 17/850 2026-04-12 13:58 by 熬夜成！
[考研] 0854调剂 +12 长弓傲 2026-04-09 13/650 2026-04-12 09:56 by 逆水乘风
[考研] 277 数一104，学硕，求调剂 +21 瓶子PZ 2026-04-09 23/1150 2026-04-11 23:12 by labixiaoqiao
[考研] 070300化学279求调剂 +19 哈哈哈^_^ 2026-04-08 20/1000 2026-04-11 20:43 by stoner78
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 284求调剂 +11 archer.. 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:23 by 蓝云思雨
[考研] 346，工科求调剂 +3 moser233 2026-04-09 3/150 2026-04-11 10:04 by zhq0425
[考研] 346，工科0854求调剂，专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 22408 366分，本科211，一志愿西工大 +4 Rubt 2026-04-09 4/200 2026-04-10 19:51 by chemisry
[考研] 一志愿沪9，326生物学求相关专业调剂 +4 刘墨墨 2026-04-09 4/200 2026-04-10 12:07 by pengliang8036
[考研] 296求调剂 +6 汪！？！ 2026-04-08 6/300 2026-04-10 11:02 by mattzhming
[考研] 江苏大学 工科调剂 捡漏 +3 Evan_Liu 2026-04-09 5/250 2026-04-10 10:22 by Evan_Liu
[考研] 初试分332，一志愿报考西北工业大学， +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 求调剂 +3 猪肉墩粉条cc 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:05 by 猪肉墩粉条cc
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 软件工程求调剂22软工296分求调剂，接受跨调 +4 yangchen2017 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:56 by 土木硕士招生
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭