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ADF在linux下安装的并行设置
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一般的设置都不会出问题，也不会提示出错，但是发现了ADF运行的一个奇怪的地方： 在任务刚开始运行的时候是一个核在计算的，然后在特定的阶段才会使用设定NSCM的核数进行算。 以前在一个集群里面有这个问题，就使用自带的ADF的mpi，问题就解决了。从一开始就是按照设定的NSCM计算的，速度有了明显的提升，mpi部分设置是这样的： export PATH=$PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/lib/linux_amd64 export MPIRUN_OPTIONS=-TCP 其他设置见2楼 这个服务器是suse系统的 后来买了个新的集群，安装的都是CentOS。因为知道adf这个问题，所以最开始在提交任务的脚本中就设置使用a自带的mpi，也没什么问题。 但是最近由于使用vasp等软件，把环境变量改动了一部分，分别换了openmpi和intelmpi。后来又用到adf，就又把环境变量换回来了，但是问题就出现了！每个任务一开始很长时间都只有一个adf进程在算，运行一段时间后，才使用设定的核数计算。计算任务也可以正常算完，但是计算慢了很多。 我把环境变量中PATH和LD_LIBRARY_PATH都清空，然后重新设置。但是问题还是没有解决。特向大家求助！希望用过adf的同志们帮帮忙！谢谢！ 也欢迎交流，参与讨论就有BB，解决问题的答案还有更多额外的奖励。 [ Last edited by 贺仪 on 2012-6-24 at 21:18 ] |
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9楼2012-06-27 21:54:54
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export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/adf2010.02 #export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/2007/adf2007.01 export PATH=$PATH:$ADFHOME/bin export ADFBIN=$ADFHOME/bin export ADFRESOURCES=$ADFHOME/atomicdata export SCMLICENSE=$ADFHOME/license.txt export SCM_TMPDIR=/tmp export SCM_RESULTDIR=$ADFHOME/result export NSCM=12 |
2楼2012-06-24 20:49:48
wntc
木虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 3129.8
- 散金: 194
- 红花: 5
- 帖子: 436
- 在线: 434.5小时
- 虫号: 1124919
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- 专业: 化学信息学
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gmy1990: 金币+2 2012-06-25 11:20:22
gmy1990: 金币+2 2012-06-25 11:20:22
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需要设置这么多么，我这似乎souce一下adfrc.sh就好了 My jobs 144803 are running on node71 PID TTY TIME CMD 27938 ? 00:00:00 bash 27966 ? 00:00:00 bash 27972 ? 00:00:00 job1.run 27973 ? 00:00:00 adf 27987 ? 00:00:00 runscript 28012 ? 00:00:00 start 28018 ? 00:00:00 mpirun.mpich 28021 ? 00:00:00 mpid 28135 ? 00:19:37 adf.exe 28136 ? 00:19:37 adf.exe 28137 ? 00:19:37 adf.exe 28138 ? 00:19:37 adf.exe 28139 ? 00:19:36 adf.exe 28140 ? 00:19:37 adf.exe 28141 ? 00:19:38 adf.exe 28142 ? 00:19:36 adf.exe 29642 ? 00:00:00 ps My jobs 144804 are running on node72 PID TTY TIME CMD 19894 ? 00:00:00 bash 19922 ? 00:00:00 bash 19928 ? 00:00:00 job2.run 19929 ? 00:00:00 adf 19943 ? 00:00:00 runscript 19968 ? 00:00:00 start 19974 ? 00:00:00 mpirun.mpich 19977 ? 00:00:00 mpid 20091 ? 00:19:38 adf.exe 20092 ? 00:19:37 adf.exe 20093 ? 00:19:38 adf.exe 20094 ? 00:19:38 adf.exe 20095 ? 00:19:38 adf.exe 20096 ? 00:19:38 adf.exe 20097 ? 00:19:37 adf.exe 20098 ? 00:19:36 adf.exe 21598 ? 00:00:00 ps |
3楼2012-06-24 22:04:44
4楼2012-06-24 22:14:12
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