应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » G09集群计算结果的chk文件转换问题
51/1返回列表
查看: 3062  |  回复: 7
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

rainandstar

银虫 (小有名气)

[求助] G09集群计算结果的chk文件转换问题

各位好，我用的是系里的集群服务器，在Linux上进行G09计算的。现在我想看一下一个结构的electrostatic potential surface，这个应该在Gview中查看chk文件才能实现。我已得到chk文件，但是查了手册才发现，在自己的电脑（windows）上，还要在转换为fchk文件才行。
我根据手册和版上几个帖子中提到的方法进行了尝试，结果失败了，下面是我的过程，有经验的同学请帮忙看看问题出在什么地方，应该怎么解决。谢谢

1，我首先尝试SSH远程登录到cluster上直接实现，具体为进入完成该任务的lanth，进入其中g09的目录，输入formchk /home/name/**.chk /home/name/**fchk，给出的提示是command not found。

2，我把得到的chk文件下到自己的电脑上，然后用g9w中的formchk时也不能转换格式，显示为：
Bad file opened by FileIO:    Unit=2 I= 2 FPrev=40960 FCur= 0.
FileIO: IOper= 9 IFileNo<1>=   2 Len=         0 IPos=           0 Q=
4573204
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FileIO.
不知道这个是什么原因。

3，接着上面的情况，我直接把chk文件复制到\g09w\scratch中，然后运行formchk c:\g09w\scratch\**.chk  c:\g09w\scratch\**fchk，屏幕显示为：
fname=c:\g09w\scratch\**.chk  fd = -1

fname=c:\g09w\scratch\**.chk  fd = -1

open-new-file
open-new-file:Invalid argument

总结下来，感觉在SSH上远程用Linux或者在自己电脑上有G09 windows应该都是可以的，但是我不知道哪里的命令写的不对。恩，就是这样了，请多指教。thanks
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2011-09-02 11:28:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainandstar

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yoyo103108 at 2014-07-08 10:50:06
你好，我也出现你这样的问题，请问你的问题解决了吗？

抱歉啊，那个结构后来没有再算，但是上面xj544的解释和建议应该是对的，顺带感谢他。
赞一下 回复此楼
6楼2014-07-09 23:28:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

xj544

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-09-02 15:27:52
运行formchk 命令要用绝对路径，比如g09安装在/home,就在终端输入：
/home/g09/formchk *.chk
Good Luck to you!
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-09-02 15:06:52
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xj544

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

rainandstar(金币+10): 完全正确，已经解决 2011-09-02 21:32:36
运行formchk 命令要用绝对路径，比如g09安装在/home,就在终端输入：
/home/g09/formchk *.chk

就行了。
Good Luck to you!
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

C-Young
3楼2011-09-02 15:07:39
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuanzou3015

银虫 (小有名气)
非常感谢xj544 。
我也遇到了同样的问题，以前在远程上用g03计算完，可以直接输入
formchk ***.chk，将chk文件转化成fchk文件。
最近换成g09计算后，每次输入formchk ***.chk，都会出现下面的错误：
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FileIO
网上搜索了一遍后，刚按照xj544介绍的方法，将命令改成绝对路径，即/opt/g09/formchk ***.chk(g09装在opt文件下)，就可以了。
建议楼主也试试吧。

再次感谢。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-11-01 16:09:39
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭