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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Amber中水分子的问题
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tingjun

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Amber中水分子的问题 已有2人参与

水分子在动力学模拟过程中起着重要的作用，在好多文献中都会考虑水分子的相互作用，那么，对于水分子的具体分析是怎么进行的啊？是用到聚类吗，应该怎样做，还是用VMD进行分析的？希望高手指教！
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1楼 2010-12-20 09:12:36
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tingjun

木虫 (小有名气)
比如，通过晶体结构可以知道某几个水分子对于结合起到重要的作用，我想通过动力学模拟来研究水分子对于结合的作用，那么在模拟的过程中怎么才能知道是哪个水分子一直在结合位置处。也就是模拟结束后怎么看到这些水分子在模拟过程中的分布情况。需要怎么分析
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3楼2010-12-22 09:27:16
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-20 22:17:40
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2楼2010-12-20 17:07:02
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-25 22:58:43
本帖内容被屏蔽
4楼2010-12-23 16:52:18
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