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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】打算从amber学起
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flyover08

荣誉版主 (著名写手)

内阁大学士兼小木虫国老

优秀版主

[交流] 【求助】打算从amber学起

打算边运行边看手册学习

以下几个问题求教
现在用的是什么版本，amber11？哪里可以下载（免费或购买）？是windows还是linux版本？安装过程？
谢谢大家
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1楼 2010-09-05 11:31:30
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):还有这种好事？那谁去买400美元的版本啊。 2010-09-05 13:16:00
flyover08(金币+10):谢谢指点，请问有没有分子模拟入门的书籍或文献，请推荐！！ 2010-09-05 21:58:36
引用回帖:
Originally posted by flyover08 at 2010-09-05 11:31:30:
打算边运行边看手册学习

以下几个问题求教
现在用的是什么版本，amber11？哪里可以下载（免费或购买）？是windows还是linux版本？安装过程？
谢谢大家

刚从作者那要到了免费的版本，要到的是amber11, linux版本，学术版的400美元。但是可以给David A. case写信，如果有合适的理由，会给你减免费用，甚至免费，联系地址在AMBER的官网上可以查的。安装过程网上有，是针对AMBER11在UBUNTU系统下安装的，GOOGLE一下即可
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2楼2010-09-05 12:28:13
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-05 13:16:08
引用回帖:
Originally posted by flyover08 at 2010-09-05 11:31:30:
打算边运行边看手册学习

以下几个问题求教
现在用的是什么版本，amber11？哪里可以下载（免费或购买）？是windows还是linux版本？安装过程？
谢谢大家

不过楼主要注意，如果你没有集群的话，还是慎用AMBER,计算速度会比较慢一些，要学快一点的可以尝试下NAMD或者GMX
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3楼2010-09-05 12:31:05
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gromacs

银虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-06 09:51:11
flyover08(金币+5):谢谢 2010-09-06 20:21:30
建议从gromacs学起，amber是要买的，而且买来也不见得就适合你
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"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
4楼2010-09-05 21:40:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-06 09:51:19
引用回帖:
Originally posted by gromacs at 2010-09-05 21:40:37:
建议从gromacs学起，amber是要买的，而且买来也不见得就适合你

同意楼上的观点，GMX速度比较快，AMBER比较容易学，但是运行速度慢，分子模拟可以从教程开始看起，具体的书籍我倒真没看过，可能和我主要是应用而不是深入研究有关
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5楼2010-09-05 22:10:49
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
不买会让你发文章么？
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
6楼2010-09-06 14:35:04
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flyover08

荣誉版主 (著名写手)

内阁大学士兼小木虫国老

优秀版主
大家一般都是在linux系统下运行吧
哪种linux系统比较适合运行这些计算软件呢？
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7楼2010-09-06 20:23:12
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小白如水

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-09-05 12:28:13:
刚从作者那要到了免费的版本，要到的是amber11, linux版本，学术版的400美元。但是可以给David A. case写信，如果有合适的理由，会给你减免费用，甚至免费，联系地址在AMBER的官网上可以查的。安装过程网上有， ...

版主可以把amber11的安装发给我一份么？我想用antechamber计算小分子的力场参数，但是要有ACHOME的路径，应该是在安装了amber的前提下才能使用antechamber的吧。
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8楼2012-01-06 11:44:44
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-01-11 19:50:17
本帖内容被屏蔽
9楼2012-01-09 10:50:22
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小白如水

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
呜呜，不知怎么回事，装完了用不了。
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10楼2012-01-09 21:45:15
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