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amber 保存复合物时出错
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sunmuer
木虫
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专业: 化学
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amber 保存复合物时出错
复合物是1k4f-20 出错信息如图
怎么回事呢
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1k4f-20.pdb
2012-03-28 10:52:06, 153.13 K
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出清水而不染
1楼
2012-03-28 10:52:56
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syhu_007012
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专业: 药物化学
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★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流
2012-03-30 20:51:51
sunmuer: 金币+3,
★★★
很有帮助, 原子名称没对应好,so。。。
2012-04-01 06:51:55
你这里面有个配体,配体力场参数没做好吧
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2楼
2012-03-28 14:25:54
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syhu_007012
木虫
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虫号: 68086
注册: 2005-05-16
专业: 药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
sunmuer: 金币+3,
★★★
很有帮助, thx
2012-04-01 06:51:19
另外,你的蛋白不是完整的,中间缺失了残基,做动力学之前要先修复
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3楼
2012-03-28 14:27:34
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sinokang
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虫号: 771160
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专业: 合成药物化学
The file contained 9 atoms not in residue templates
这9个原子力场不识别,找用其他软件修复一下,或者自己添加参数
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4楼
2012-03-30 16:50:09
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