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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 羟基进攻化合物的IRC分析 出错
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21018060

木虫 (正式写手)

[求助] 羟基进攻化合物的IRC分析 出错

各位前辈们，我是个计算新手，1、在做羟基与一个化合物的反应时，首先进行寻找过渡态寻找，找到之后优化过渡态，优化之后我为了验证寻找到的是否是正确的过渡态，但结果得到的IRC图像过渡态两侧都是化合物上的H原子靠近羟基的过程，是不是出错了啊，正常的irc分析结果是怎么样的呢？？2、要检验过渡态找的是否正确，除了用IRC分析，还有其他方法吗？
请高手指点啊。非常感谢

我现在将我做的一些命令附上，高手们麻烦给看下是否有错啊啊？

扫描健长的命令：
%chk=HFA-scan.chk
%nprocshared=8
%mem=20GB
#p opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p)  geom=connectivity

过渡态优化的的命令：
%chk=HFA-scan-tsopt.chk
%nprocshared=8
%mem=20GB
#p opt=(ts,calcfc,noeigen,maxcycle=200) freq b3lyp/6-311+g(d,p) geom=connectivity

irc分析的命令：
%chk=HFA-scan-tsopt-irc.chk
%nprocshared=8
%mem=20GB
# irc=calcall b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

谢谢了！
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Tomorrow will be better
1楼2011-07-12 16:46:41
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★
21018060(金币+2): 谢谢，让我知道了另一种IRC分析的方法。 2011-07-13 10:30:19
小红豆(金币+2): 谢谢 2011-07-13 19:39:54
首先应该看振动模式是否正确，
其次可以分两次跑irc
#p irc(Forward,calcfc)
#p irc(Reverse,calcfc)
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2011-07-12 18:09:43
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★ ★
21018060(金币+2): 谢谢，我会考虑你的建议的，感谢你每次都热心的帮忙，十分感谢！ 2011-07-13 10:31:12
小红豆(金币+3): 谢谢 2011-07-13 19:40:02
irc的方法与基组与找过渡态的统一。你scan都舍得用b3lyp/6-311+g(d,p)了，找irc为什么不也用这个？楼上的方法也可以，就是把irc分成两部分，可以同时计算，节省时间
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
3楼2011-07-12 18:17:20
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

另外irc没必要calcall，calcfc即可。甚至直接读你找过渡态的chk，然后rcfc即可，可以节省很多的时间
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
4楼2011-07-12 18:19:02
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
呵呵。老狼也是个中高手啊。。不错不错。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2011-07-12 21:31:50
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独孤狼

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2011-07-12 21:31:50:
呵呵。老狼也是个中高手啊。。不错不错。

6楼2011-07-13 12:26:32
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

【答案】应助回帖

21018060(金币+1): 非常感谢，对我很有用。 2011-07-13 20:08:13
对于过渡态先用小基组粗找，然后再用中等基组找到过渡态以后，在同样的基组下，调用过渡态的check文件，用同样的基组跑IRC。验证过渡态正确了以后，再用大的基组计算能量。
小基组找到的过渡态很可能不准确，但是可以节省好多计算时间。
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乐观、执着、勤奋
7楼2011-07-13 15:57:47
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复归于海

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-12 18:19:02
另外irc没必要calcall，calcfc即可。甚至直接读你找过渡态的chk，然后rcfc即可，可以节省很多的时间

你好，请问在做出过渡态之后，做IRC时怎么从CHK文件中调用数据？ 做计算的时间不长，在做IRC时我为了保证程序能正常运行下去我都是没有从CHK文件中调用的。
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澄净
8楼2014-08-31 10:42:07
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