版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

stewart1922

至尊木虫 (职业作家)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 35775.2
散金: 35
红花: 1
帖子: 3155
在线: 2103.6小时
虫号: 721544
注册: 2009-03-13
性别: GG
专业: 理论和计算化学

[求助] 请教：orca 中用CCSD(T)计算单点能出错--提示内存不足该怎么办？已有1人参与

如果加内存该用什么命令呢？出错信息附在后面

很急多谢赐教

-------------------------------------------------------------------------------
                           ORCA-MATRIX DRIVEN CI
-------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------
AUTOMATIC CHOICE OF INCORE LEVEL
--------------------------------

Memory available       ... 256.00 MB
Memory needed for S+T ... 4073.60 MB
Memory needed for J+K ... 8153.60 MB
Memory needed for DIIS ...  57030.38 MB
Memory needed for 3-ext  ...  25588.23 MB
Memory needed for 4-ext  ... 123579.54 MB
-> Final InCoreLevel ... 0
Error (ORCA_MDCI): not enough memory for computing triples
  => Memory needed : 2907.75 MB
  => Memory available : 256.00 MB
Process 0:    ... aborting the job
Process 0:    ... aborting the job
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 12.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 0 with PID 5189 on
node node143 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
[node143:05188] 7 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / no active ports found
[node143:05188] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages

An error has occured in the MDCI module

回复此楼

1楼 2012-03-15 18:24:39

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

nwwolfchj

金虫 (正式写手)

应助: 21 (小学生)
金币: 3200
散金: 35
红花: 8
帖子: 839
在线: 564.2小时
虫号: 428469
注册: 2007-08-04
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

%MaxCore 250000

前提是你内存有250GB，我觉的不现实，要不换方法和基组，要不换软件。

赞一下(1人)

回复此楼

3楼2012-03-16 02:11:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

普通回帖

chrinide

木虫 (正式写手)

QC强帖: 1
应助: 20 (小学生)
金币: 2460.3
红花: 5
帖子: 431
在线: 541.4小时
虫号: 488931
注册: 2007-12-31
专业: 宇宙学

我晕你算啥玩意啊

Memory needed for 4-ext ... 123579.54 MB

要100多G的内存啊

你有这么多内存吗？

赞一下

回复此楼

未知必须借由更深的未知去获悉，隐晦必须借由更深的隐晦来明了

2楼2012-03-15 20:52:14

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

nwwolfchj

金虫 (正式写手)

应助: 21 (小学生)
金币: 3200
散金: 35
红花: 8
帖子: 839
在线: 564.2小时
虫号: 428469
注册: 2007-08-04
性别: GG
专业: 理论和计算化学

补充一点，还可把积分往硬盘上写，而不是内存上。

赞一下

回复此楼

4楼2012-03-16 02:13:12

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

stewart1922

至尊木虫 (职业作家)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 35775.2
散金: 35
红花: 1
帖子: 3155
在线: 2103.6小时
虫号: 721544
注册: 2009-03-13
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

4楼: Originally posted by nwwolfchj at 2012-03-16 02:13:12:
补充一点，还可把积分往硬盘上写，而不是内存上。

请教您怎么把积分写到硬盘上？

赞一下

回复此楼

5楼2012-03-16 09:24:26

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

nwwolfchj

金虫 (正式写手)

应助: 21 (小学生)
金币: 3200
散金: 35
红花: 8
帖子: 839
在线: 564.2小时
虫号: 428469
注册: 2007-08-04
性别: GG
专业: 理论和计算化学

看手册，具体我也不太清楚，我只是个根据经验告诉你，我没用过ORCA的CCSD(T)，还有一种方式就是用RI型基组，我也没用过，但看过文献和帖子了解的。你看手册尝试一下。

赞一下

回复此楼

6楼2012-03-18 07:35:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

tudoudigua

金虫 (著名写手)

应助: 12 (小学生)
金币: 287.4
散金: 2790
红花: 9
帖子: 2069
在线: 151.7小时
虫号: 1403806
注册: 2011-09-16
性别: MM
专业: 高分子合成化学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

方法有二：
一：%nproc=4
   %mem=6gb
   %chk=。。。。。
   基组方法
二：直接在基组方法后面加上iop(/9/16=16) maxdisk=20gb
如果仍然不行，可以调节iop(9/16=14,12......)

赞一下

回复此楼

人生总是在习惯那些不习惯的习惯！

7楼2012-03-19 08:55:41

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

tudoudigua

金虫 (著名写手)

应助: 12 (小学生)
金币: 287.4
散金: 2790
红花: 9
帖子: 2069
在线: 151.7小时
虫号: 1403806
注册: 2011-09-16
性别: MM
专业: 高分子合成化学

【答案】应助回帖

%nproc=8 (这个数字是你的一个节点能够提供多少核有关，要是8核就是%nproc=8、、、、、

赞一下

回复此楼

人生总是在习惯那些不习惯的习惯！

8楼2012-03-19 08:57:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jiangning198511

木虫 (正式写手)

应助: 16 (小学生)
金币: 3530.8
散金: 12
红花: 12
帖子: 323
在线: 185.3小时
虫号: 331812
注册: 2007-03-25
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

7楼: Originally posted by tudoudigua at 2012-03-19 08:55:41
方法有二：
一：%nproc=4
   %mem=6gb
   %chk=。。。。。
   基组方法
二：直接在基组方法后面加上iop(/9/16=16) maxdisk=20gb
如果仍然不行，可以调节iop(9/16=14,12......)

这是高斯吧

回复此楼

9楼2013-12-20 11:00:11

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖