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Amber 分子动力学 求助！！！！
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大家好！我用amber软件跑了100ns的动力学模拟，采用周期性边界条件，显性水溶剂模型，之前没有在输入文件中加入iwrap=1这个参数，跑到50ns的时候自动断掉！此时最后一帧构象中有的原子坐标为“****”，导致下一步不能读取.rst文件继续往下计算，（PS：原因是某些原子的坐标跑出了水盒子？？） 加了iwrap=1这个命令后，可以跑完100ns，但是提取最后一帧构象发现，原来的蛋白构象（二聚体）跑散了！！！其中的配体也远离蛋白！！请问一下，这是怎么回事？？这个问题该如何解决？？急死人啊！！跑了很多天才跑完，无语了。。。。 |
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