| 查看: 4428 | 回复: 10 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
Amber 分子动力学 求助！！！！
|
||
|
大家好！我用amber软件跑了100ns的动力学模拟，采用周期性边界条件，显性水溶剂模型，之前没有在输入文件中加入iwrap=1这个参数，跑到50ns的时候自动断掉！此时最后一帧构象中有的原子坐标为“****”，导致下一步不能读取.rst文件继续往下计算，（PS：原因是某些原子的坐标跑出了水盒子？？） 加了iwrap=1这个命令后，可以跑完100ns，但是提取最后一帧构象发现，原来的蛋白构象（二聚体）跑散了！！！其中的配体也远离蛋白！！请问一下，这是怎么回事？？这个问题该如何解决？？急死人啊！！跑了很多天才跑完，无语了。。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有6人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有10人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有74人回复
-
岩土工程学报什么时候才能终审完呐
已经有4人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子动力学模拟力场
已经有13人回复
- 用amber模拟γ-CD
已经有6人回复
- 活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）
已经有6人回复
- 求助：蛋白质对接 分子动力学
已经有10人回复
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- 有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟
已经有14人回复
- gromacs 运行pdb2gmx中出错，pdb2gmx: error while loading shared libraries
已经有3人回复
- AMBER中qm/mm的问题
已经有5人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】关于RMSD的计算
已经有4人回复
- 【求助】Amber中水分子的问题
已经有4人回复
- 【求助】量子化学方法求amber力场参数
已经有10人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【求助】amber功能探讨
已经有9人回复
- 【求助】打算从amber学起
已经有16人回复
- 【共享】推荐一篇关于膜蛋白动力学的综述
已经有7人回复
1054950560
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1338.7
- 散金: 25
- 红花: 7
- 帖子: 327
- 在线: 138.2小时
- 虫号: 1658658
- 注册: 2012-03-02
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
10楼2013-10-21 19:52:43
tsingtaobeer
新虫 (著名写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 700.9
- 散金: 1104
- 红花: 6
- 帖子: 1039
- 在线: 201.6小时
- 虫号: 1030055
- 注册: 2010-05-27
- 专业: 有机合成
2楼2013-10-15 01:24:03
3楼2013-10-15 09:38:30
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2013-10-15 10:13:00
25