应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Amber 分子动力学 求助！！！！
51/1返回列表
查看: 4791  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)

[求助] Amber 分子动力学 求助！！！！

大家好！我用amber软件跑了100ns的动力学模拟，采用周期性边界条件，显性水溶剂模型，之前没有在输入文件中加入iwrap=1这个参数，跑到50ns的时候自动断掉！此时最后一帧构象中有的原子坐标为“****”，导致下一步不能读取.rst文件继续往下计算，（PS：原因是某些原子的坐标跑出了水盒子？？）

加了iwrap=1这个命令后，可以跑完100ns，但是提取最后一帧构象发现，原来的蛋白构象（二聚体）跑散了！！！其中的配体也远离蛋白！！请问一下，这是怎么回事？？这个问题该如何解决？？急死人啊！！跑了很多天才跑完，无语了。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
超人不会飞
1楼 2013-10-14 22:11:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1054950560

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-10-21 16:46:11
呵呵，这个不一定！我的小分子是ATP，主要想观察ATP的水解对蛋白构象的影响，所以时间必须长啊！如果你的研究目的不是这个，应该就不需要这么长时间的了。。。。根据自己的研究目的，加上参考文献来定吧。...

关键的是我这个没有文献报道，是头一次研究，哎命苦啊
赞一下 回复此楼
努力就会有回报，不管是好的还是坏的
10楼2013-10-21 19:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

tsingtaobeer

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先100ns你觉得有必要么？其次你的蛋白是两段吗？再则小分子跑出去也属于正常啊，结合力不牢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-15 01:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tsingtaobeer at 2013-10-15 01:24:03
首先100ns你觉得有必要么？其次你的蛋白是两段吗？再则小分子跑出去也属于正常啊，结合力不牢

首先非常感谢你的回复！对于我这个体系，由于是探索二聚体构象变化，100ns已经算是比较少的了。蛋白是二聚体，就算分离也不会变得那么不靠谱。小分子是ATP，与其中一个单体结合非常牢固。是不是在加了iwrap=1这个参数后，需要对轨迹做什么特殊处理？恢复镜像？？
赞一下 回复此楼
超人不会飞
3楼2013-10-15 09:38:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
周期性边界也会跑出盒子？ lz应该把 那50ns的轨迹好好看看再下定论
你做的是高温下的动力学么？ 从来没加过iwrap=1这个选项
分开的原因还是很有可能电荷排斥吧
赞一下 回复此楼
4楼2013-10-15 10:13:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭