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copyymk

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[交流] 【求助】关于RMSD的计算

想做两个蛋白之间的偏差值，恳请高手指教，最好是能得出Excel的比较图（如下）

[ Last edited by copyymk on 2011-1-14 at 14:52 ]

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1楼 2011-01-12 16:23:03

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zyj8119

木虫 (著名写手)

引用回帖:

Originally posted by copyymk at 2011-01-12 16:23:03:
想做两个蛋白之间的偏差值，恳请高手指教，最好是能得出Excel的比较图（如下）

你用VMD算过吗？应该怎么选择？

2楼2011-01-12 23:18:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wally8962

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zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-14 14:49:58

measure rmsd $sel $sel0

这个是计算rmsd的基本命令，自己编程处理dcd，更有助于理解。

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3楼2011-01-13 19:25:04

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copyymk

木虫 (小有名气)

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引用回帖:

Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 23:18:43:

你用VMD算过吗？应该怎么选择？

听说gromacs可以做，但是不懂用

4楼2011-01-14 14:59:31

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yin_yin

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zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-01-16 20:54:22

这个图是动力学模拟轨迹的rmsd图。你要两个蛋白之间的偏差值，只有一个值，怎么作图，不明白

赞一下(1人)

5楼2011-01-15 18:46:15

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