| 查看: 3825 | 回复: 12 | ||||||
[求助]
关于两个蛋白质结构叠合的原理（或者相关的程序）
|
||||||
|
课题在做蛋白质结构预测这块，经常用到两个蛋白质结构的叠合，然后算出RMSD，用来体现两个蛋白质之间结构的相似程度。但是这个叠合过程究竟是如何完成的？什么原理？ 我目前只了解到大概涉及到旋转矩阵方面，坐标变换方面的知识，哪位了解的朋友可以指点下究竟是怎么做的？ 有什么参考资料吗？ 先感谢各位  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 蛋白质生物学实验经验 | 生物信息学 | 结构生物学 | 精华帖转载 |
» 猜你喜欢
一志愿华中师范071000，325求调剂
已经有6人回复
-
070303一志愿西北大学学硕310找调剂
已经有6人回复
-
311求调剂
已经有4人回复
-
0703化学调剂
已经有8人回复
-
070303 总分349求调剂
已经有5人回复
-
309求调剂
已经有5人回复
-
070300化学学硕求调剂
已经有5人回复
-
277材料科学与工程080500求调剂
已经有3人回复
-
0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历
已经有5人回复
-
环境工程调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 急求关于蛋白纯化技术原理
已经有5人回复
- 求助：关于质谱与蛋白质三级结构的问题！
已经有4人回复
- 蛋白质氮 和 氨基酸氮 是一回事吗？两个是相等的吗，在同一溶液中。
已经有5人回复
- 关于得到的能带结构图分析，同一种物质为什么会出现两种图？
已经有8人回复
- 【求助/交流】BSA法测蛋白质浓度的原理和方法
已经有19人回复
- 请问关于一个蛋白质实验的原理图是怎么画出来的？
已经有5人回复
- 【求助】两个切面的γ角不同怎么调整组合成界面
已经有11人回复
- 【求助】build layer合并两个界面时的小问题
已经有22人回复
6楼2011-06-28 22:33:13
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 1ST强帖: 4
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
我觉得算法过程是这样的： 对于任意给的两个多肽链，在空间任意初始位置，我们总可以计算对应骨架上的原子坐标的偏差平方和MSD，然后不断改变两肽链的空间位置，直到此MSD最小。MSD=sum[(x1i-x2i)^2] (1,2指代两肽链，i原子序号) 问题有2个： (1) 如何改变多肽链的空间位置。这个简单，固定一个肽链1，对另外一个肽链2定义一个平移变量，一个旋转变量。肽链2的空间位置变换无非是当前坐标矩阵乘以这2个变量；多肽链的移动就是不断改变这两个变量而已。而总MSD就是这两个变量的函数。 (2) 如何找对应原子。对于两个有差别的肽链，第一步必须确定对应残基。这个有Alignment算法，其实，就是把两肽链的残基字母顺序按某种对应方式摆在一起，然后如果双发字母相同的，加1分，不同的记为0分，反复几次，即可找到最佳的对应方式。确定了两肽链的残基一一对应方式以后，就可以对骨架C-C-N-原子坐标间的MSD计算了。 还有其它问题，最好的alignment(摆放方式)未必对应全局最小的MSD，那么怎么办呢？。。。我想你已经想到了，:-) |
9楼2011-07-01 11:55:12
【答案】应助回帖
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-10 12:13:46
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-10 12:13:46
|
发表愚见仅供参考，呵呵。 1、蛋白质折叠过程及原理：主要由于键与键的相互作用、范德华力、氨基酸的疏水性等等。 2、可以用复杂网络去预测。 3、你可以在ISI knowledge（http://pcs.isiknowledge.com/Sess ... ver.sessionNotFound）网页上，输入protein folding，就会发现很多相关文献。 |
2楼2011-05-10 09:12:46
3楼2011-05-10 20:56:15
cedarice
木虫 (著名写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1353.1
- 散金: 1658
- 红花: 15
- 沙发: 2
- 帖子: 1864
- 在线: 327.7小时
- 虫号: 943593
- 注册: 2010-01-16
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
4楼2011-05-12 17:11:26
cedarice
木虫 (著名写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1353.1
- 散金: 1658
- 红花: 15
- 沙发: 2
- 帖子: 1864
- 在线: 327.7小时
- 虫号: 943593
- 注册: 2010-01-16
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
| 这个有相应的软件可以实现，如chimera，但是不清楚能否指定相应位置进行alignment。另外可以在参考Wiki上的这个介绍：http://en.wikipedia.org/wiki/Structural_alignment |
5楼2011-06-26 22:27:18
yongleli
木虫 (正式写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 3769.1
- 散金: 369
- 红花: 24
- 帖子: 764
- 在线: 101.3小时
- 虫号: 303595
- 注册: 2006-12-03
- 专业: 原子和分子物理
zpliu097楼2011-06-29 12:23:08
8楼2011-06-30 20:46:47
|
本帖内容被屏蔽 |
10楼2015-04-03 03:23:26
20