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关于两个蛋白质结构叠合的原理（或者相关的程序）
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课题在做蛋白质结构预测这块，经常用到两个蛋白质结构的叠合，然后算出RMSD，用来体现两个蛋白质之间结构的相似程度。但是这个叠合过程究竟是如何完成的？什么原理？ 我目前只了解到大概涉及到旋转矩阵方面，坐标变换方面的知识，哪位了解的朋友可以指点下究竟是怎么做的？ 有什么参考资料吗？ 先感谢各位  |
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6楼2011-06-28 22:33:13
ChemiAndy
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我觉得算法过程是这样的： 对于任意给的两个多肽链，在空间任意初始位置，我们总可以计算对应骨架上的原子坐标的偏差平方和MSD，然后不断改变两肽链的空间位置，直到此MSD最小。MSD=sum[(x1i-x2i)^2] (1,2指代两肽链，i原子序号) 问题有2个： (1) 如何改变多肽链的空间位置。这个简单，固定一个肽链1，对另外一个肽链2定义一个平移变量，一个旋转变量。肽链2的空间位置变换无非是当前坐标矩阵乘以这2个变量；多肽链的移动就是不断改变这两个变量而已。而总MSD就是这两个变量的函数。 (2) 如何找对应原子。对于两个有差别的肽链，第一步必须确定对应残基。这个有Alignment算法，其实，就是把两肽链的残基字母顺序按某种对应方式摆在一起，然后如果双发字母相同的，加1分，不同的记为0分，反复几次，即可找到最佳的对应方式。确定了两肽链的残基一一对应方式以后，就可以对骨架C-C-N-原子坐标间的MSD计算了。 还有其它问题，最好的alignment(摆放方式)未必对应全局最小的MSD，那么怎么办呢？。。。我想你已经想到了，:-) |
9楼2011-07-01 11:55:12
【答案】应助回帖
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youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-10 12:13:46
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-10 12:13:46
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发表愚见仅供参考，呵呵。 1、蛋白质折叠过程及原理：主要由于键与键的相互作用、范德华力、氨基酸的疏水性等等。 2、可以用复杂网络去预测。 3、你可以在ISI knowledge（http://pcs.isiknowledge.com/Sess ... ver.sessionNotFound）网页上，输入protein folding，就会发现很多相关文献。 |
2楼2011-05-10 09:12:46
3楼2011-05-10 20:56:15
cedarice
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4楼2011-05-12 17:11:26
cedarice
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| 这个有相应的软件可以实现，如chimera，但是不清楚能否指定相应位置进行alignment。另外可以在参考Wiki上的这个介绍：http://en.wikipedia.org/wiki/Structural_alignment |
5楼2011-06-26 22:27:18
yongleli
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zpliu097楼2011-06-29 12:23:08
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