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关于两个蛋白质结构叠合的原理（或者相关的程序）
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课题在做蛋白质结构预测这块，经常用到两个蛋白质结构的叠合，然后算出RMSD，用来体现两个蛋白质之间结构的相似程度。但是这个叠合过程究竟是如何完成的？什么原理？ 我目前只了解到大概涉及到旋转矩阵方面，坐标变换方面的知识，哪位了解的朋友可以指点下究竟是怎么做的？ 有什么参考资料吗？ 先感谢各位  |
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 蛋白质生物学实验经验 | 生物信息学 | 结构生物学 | 精华帖转载 |
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4楼2011-05-12 17:11:26
【答案】应助回帖
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youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-10 12:13:46
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-10 12:13:46
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发表愚见仅供参考，呵呵。 1、蛋白质折叠过程及原理：主要由于键与键的相互作用、范德华力、氨基酸的疏水性等等。 2、可以用复杂网络去预测。 3、你可以在ISI knowledge（http://pcs.isiknowledge.com/Sess ... ver.sessionNotFound）网页上，输入protein folding，就会发现很多相关文献。 |
2楼2011-05-10 09:12:46
3楼2011-05-10 20:56:15
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| 这个有相应的软件可以实现，如chimera，但是不清楚能否指定相应位置进行alignment。另外可以在参考Wiki上的这个介绍：http://en.wikipedia.org/wiki/Structural_alignment |
5楼2011-06-26 22:27:18