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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于RMSD的计算
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copyymk

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于RMSD的计算

想做两个蛋白之间的偏差值，恳请高手指教，最好是能得出Excel的比较图（如下）



[ Last edited by copyymk on 2011-1-14 at 14:52 ]
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1楼 2011-01-12 16:23:03
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by copyymk at 2011-01-12 16:23:03:
想做两个蛋白之间的偏差值，恳请高手指教，最好是能得出Excel的比较图（如下）

你用VMD算过吗？应该怎么选择？
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2楼2011-01-12 23:18:43
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-14 14:49:58
measure rmsd $sel $sel0

这个是计算rmsd的基本命令，自己编程处理dcd，更有助于理解。
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3楼2011-01-13 19:25:04
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copyymk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-12 23:18:43:

你用VMD算过吗？应该怎么选择？

听说gromacs可以做，但是不懂用
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4楼2011-01-14 14:59:31
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yin_yin

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-01-16 20:54:22
这个图是动力学模拟轨迹的rmsd图。你要两个蛋白之间的偏差值，只有一个值，怎么作图，不明白
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5楼2011-01-15 18:46:15
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