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jianglan91

银虫 (小有名气)

[求助] 用amber模拟γ-CD

求助各位大神,我想简单模拟一下环糊精与包结物,可是画出八个葡萄糖单元后连接起来,得到的伽马环糊精居然没有关环,如图所示,这是为什么啊

未命名.jpg
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-24 13:25:53
jianglan91: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-01-12 15:22:50
因为amber默认的就是一个单链,
貌似你应该用bond把两端连起来
2楼2012-12-21 22:25:34
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-12-21 22:25:34
因为amber默认的就是一个单链,
貌似你应该用bond把两端连起来

你好,我发现用bond连起来以后,保存以后,再打开还是断开的,这是为什么呢?
科研就是讨论出来的
3楼2012-12-22 10:50:46
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-24 13:26:02
1.是不是图形软件显示的问题?
2.如果不是,是不是原子类型不对,导致bond不能正常使用?
4楼2012-12-22 14:52:10
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superdirac

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
ben_ladeng: 专家考核 2013-03-22 16:49:02
你这个是用viewpro打开的pdb文件吗?
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
5楼2012-12-22 16:03:58
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-12-22 14:52:10
1.是不是图形软件显示的问题?
2.如果不是,是不是原子类型不对,导致bond不能正常使用?

bond连的时候,并没有提示错误,保存prmtop和inpcrd的时候也没有提示错误,但是再用上面两个参数生成pdb,打开就还是没有连起来的。。。在数据里面下载别的还有γ-环糊精的结构打开是关环。
科研就是讨论出来的
6楼2012-12-23 11:07:28
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by superdirac at 2012-12-22 16:03:58
你这个是用viewpro打开的pdb文件吗?

不是viewpro,使用的Accelrys DS Visualizer 2.0打开的
科研就是讨论出来的
7楼2012-12-23 11:08:27
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