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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用amber模拟γ-CD
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jianglan91

银虫 (小有名气)

[求助] 用amber模拟γ-CD

求助各位大神，我想简单模拟一下环糊精与包结物，可是画出八个葡萄糖单元后连接起来，得到的伽马环糊精居然没有关环，如图所示，这是为什么啊

未命名.jpg
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1楼 2012-12-21 21:05:19
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-24 13:25:53
jianglan91: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-01-12 15:22:50
因为amber默认的就是一个单链，
貌似你应该用bond把两端连起来
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2楼2012-12-21 22:25:34
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-12-21 22:25:34
因为amber默认的就是一个单链，
貌似你应该用bond把两端连起来

你好，我发现用bond连起来以后，保存以后，再打开还是断开的，这是为什么呢？
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科研就是讨论出来的
3楼2012-12-22 10:50:46
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-24 13:26:02
1.是不是图形软件显示的问题?
2.如果不是，是不是原子类型不对，导致bond不能正常使用?
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4楼2012-12-22 14:52:10
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superdirac

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 专家考核 2013-03-22 16:49:02
你这个是用viewpro打开的pdb文件吗？
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
5楼2012-12-22 16:03:58
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-12-22 14:52:10
1.是不是图形软件显示的问题?
2.如果不是，是不是原子类型不对，导致bond不能正常使用?

bond连的时候，并没有提示错误，保存prmtop和inpcrd的时候也没有提示错误，但是再用上面两个参数生成pdb，打开就还是没有连起来的。。。在数据里面下载别的还有γ-环糊精的结构打开是关环。
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科研就是讨论出来的
6楼2012-12-23 11:07:28
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by superdirac at 2012-12-22 16:03:58
你这个是用viewpro打开的pdb文件吗？

不是viewpro，使用的Accelrys DS Visualizer 2.0打开的
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科研就是讨论出来的
7楼2012-12-23 11:08:27
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