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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 能量优化出错
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903566945

金虫 (正式写手)

[求助] amber 能量优化出错

我用AMBER 运行能量优化，设置的是maxcyc=1000,ncyc=500出错了，到了500步就出现了RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，同时我又试了只算共轭梯度法，xmin法等，不管maxcyc,ncyc设大设小，都不能算到最后一步，这是怎么回事呢，我可不可以忽略这个问题，直接进行下一步模拟呢？
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1楼 2012-07-24 09:46:13
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-21 19:21:31
903566945: 金币+10 2012-08-27 08:55:41
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值 比如特别高的，或者有×××××的
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2楼2012-08-20 12:33:09
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 12:33:09
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值 比如特别高的，或者有×× ...

请教一下，出现了***怎么办呢？
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3楼2012-08-27 09:00:09
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢1 2012-08-31 23:12:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by 903566945 at 2012-08-27 09:00:09
请教一下，出现了***怎么办呢？...

出现了×××多半（或者说几乎肯定）是由结构不合理。
你看看出现×××后面的那个原子  去看看结构就行了
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4楼2012-08-31 22:23:38
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201021150040

新虫 (初入文坛)
请问下楼主问题解决了吗？怎么解决的呢？ 我也出现了这样的问题，但是检查结构貌似没有出错····
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5楼2012-12-10 16:20:55
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
903566945: 金币+90, 5 2013-01-10 18:06:26
Some of the output files(the 'mdout' in the manual) contain the message like:
.... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ...
the input is like:
&cntrl                                                                        
    imin=1, maxcyc=10000, ncyc=100, idiel=0, cut=30.0, scee=1.2,               
&end
But if I change the input into:
&cntrl
    imin=1, maxcyc=10000, ncyc=1000, idiel=0, cut=30.0, scee=1.2,
&end
there will be no "LINMIN FAILURE" message. The difference between two input file is only ncyc(from 100 to 1000). Both trials gave normal "FINAL RESULTS" Does it matter, if the mdout contains it? If so, how to correct it?

你给的步数太少了 根本到不了收敛条件 自然就停下来了 不知道你的体系多大 建议你放大10倍步长
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6楼2012-12-10 16:37:11
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百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-31 22:23:38
出现了×××多半（或者说几乎肯定）是由结构不合理。
你看看出现×××后面的那个原子  去看看结构就行了...

大神？能不能说的再详细点。
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你的夕阳，我的容颜，谁的三分之一年
7楼2013-06-24 19:51:54
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therotyonth

金虫 (正式写手)
这个，貌似没有说解决办法呀！我现在也遇到了这样的问题了！
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8楼2013-10-11 14:40:40
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ferlich

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2013-11-20 17:21:29
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