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amber 能量优化出错
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| 我用AMBER 运行能量优化，设置的是maxcyc=1000,ncyc=500出错了，到了500步就出现了RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，同时我又试了只算共轭梯度法，xmin法等，不管maxcyc,ncyc设大设小，都不能算到最后一步，这是怎么回事呢，我可不可以忽略这个问题，直接进行下一步模拟呢？ |
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lujunyan1118
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2楼2012-08-20 12:33:09
3楼2012-08-27 09:00:09
lujunyan1118
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4楼2012-08-31 22:23:38
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yaozhq
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【答案】应助回帖
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903566945: 金币+90, 5 2013-01-10 18:06:26
903566945: 金币+90, 5 2013-01-10 18:06:26
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Some of the output files(the 'mdout' in the manual) contain the message like: .... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ... the input is like: &cntrl imin=1, maxcyc=10000, ncyc=100, idiel=0, cut=30.0, scee=1.2, &end But if I change the input into: &cntrl imin=1, maxcyc=10000, ncyc=1000, idiel=0, cut=30.0, scee=1.2, &end there will be no "LINMIN FAILURE" message. The difference between two input file is only ncyc(from 100 to 1000). Both trials gave normal "FINAL RESULTS" Does it matter, if the mdout contains it? If so, how to correct it? 你给的步数太少了 根本到不了收敛条件 自然就停下来了 不知道你的体系多大 建议你放大10倍步长 |
6楼2012-12-10 16:37:11
百步穿杨999
至尊木虫 (著名写手)
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7楼2013-06-24 19:51:54
therotyonth
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8楼2013-10-11 14:40:40
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9楼2013-11-20 17:21:29