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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 能量优化出错
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903566945

金虫 (正式写手)

[求助] amber 能量优化出错

我用AMBER 运行能量优化，设置的是maxcyc=1000,ncyc=500出错了，到了500步就出现了RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，同时我又试了只算共轭梯度法，xmin法等，不管maxcyc,ncyc设大设小，都不能算到最后一步，这是怎么回事呢，我可不可以忽略这个问题，直接进行下一步模拟呢？
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1楼 2012-07-24 09:46:13
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ferlich

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2013-11-20 17:21:29
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-21 19:21:31
903566945: 金币+10 2012-08-27 08:55:41
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值 比如特别高的，或者有×××××的
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2楼2012-08-20 12:33:09
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903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 12:33:09
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值 比如特别高的，或者有×× ...

请教一下，出现了***怎么办呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-27 09:00:09
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢1 2012-08-31 23:12:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by 903566945 at 2012-08-27 09:00:09
请教一下，出现了***怎么办呢？...

出现了×××多半（或者说几乎肯定）是由结构不合理。
你看看出现×××后面的那个原子  去看看结构就行了
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-31 22:23:38
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