应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 能量优化出错
51/1返回列表
查看: 2246  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

903566945

金虫 (正式写手)

[求助] amber 能量优化出错

我用AMBER 运行能量优化，设置的是maxcyc=1000,ncyc=500出错了，到了500步就出现了RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，同时我又试了只算共轭梯度法，xmin法等，不管maxcyc,ncyc设大设小，都不能算到最后一步，这是怎么回事呢，我可不可以忽略这个问题，直接进行下一步模拟呢？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-07-24 09:46:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2013-11-20 17:21:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-21 19:21:31
903566945: 金币+10 2012-08-27 08:55:41
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值 比如特别高的，或者有×××××的
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-20 12:33:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 12:33:09
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值 比如特别高的，或者有×× ...

请教一下，出现了***怎么办呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-27 09:00:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢1 2012-08-31 23:12:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by 903566945 at 2012-08-27 09:00:09
请教一下，出现了***怎么办呢？...

出现了×××多半（或者说几乎肯定）是由结构不合理。
你看看出现×××后面的那个原子  去看看结构就行了
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-31 22:23:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 7/350 2026-08-21 11:45 by 6543yes
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +10 大萍1987 2026-08-20 12/600 2026-08-21 09:31 by 020100099
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +22 yaoyewhu2008 2026-08-20 24/1200 2026-08-21 07:44 by DanielDDDD
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:35 by CaoLG
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭