应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 能量优化出错
51/1返回列表
查看: 2003  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

903566945

金虫 (正式写手)

[求助] amber 能量优化出错

我用AMBER 运行能量优化，设置的是maxcyc=1000,ncyc=500出错了，到了500步就出现了RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，同时我又试了只算共轭梯度法，xmin法等，不管maxcyc,ncyc设大设小，都不能算到最后一步，这是怎么回事呢，我可不可以忽略这个问题，直接进行下一步模拟呢？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-07-24 09:46:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢1 2012-08-31 23:12:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by 903566945 at 2012-08-27 09:00:09
请教一下，出现了***怎么办呢？...

出现了×××多半（或者说几乎肯定）是由结构不合理。
你看看出现×××后面的那个原子  去看看结构就行了
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-31 22:23:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-21 19:21:31
903566945: 金币+10 2012-08-27 08:55:41
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值 比如特别高的，或者有×××××的
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-20 12:33:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 12:33:09
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值 比如特别高的，或者有×× ...

请教一下，出现了***怎么办呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-27 09:00:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

201021150040

新虫 (初入文坛)
请问下楼主问题解决了吗？怎么解决的呢？ 我也出现了这样的问题，但是检查结构貌似没有出错····
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-10 16:20:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂 +4 守候夕阳CF 2026-03-18 4/200 2026-03-18 22:16 by li123456789.
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +6 d如愿上岸 2026-03-12 9/450 2026-03-18 19:50 by macy2011
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-13 6/300 2026-03-18 14:14 by 脱颖而出
[考研] 299求调剂 +5 △小透明* 2026-03-17 5/250 2026-03-18 11:49 by 尽舜尧1
[考研] 334求调剂 +3 志存高远意在机� 2026-03-16 3/150 2026-03-18 08:34 by lm4875102
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +16 不知道叫什么！ 2026-03-15 18/900 2026-03-17 17:05 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭