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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 为何用AMBER模拟，分子发生改变。
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xxwn

铜虫 (小有名气)

[求助] 为何用AMBER模拟，分子发生改变。

在使用AMBER模拟时，出现了如图的配体分子的改变，怕影响模拟结果，但是又找不到原因，求解答
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1楼 2012-05-08 15:27:38
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖: 金币+1, 谢谢~~ 2012-05-08 20:00:46
xxwn: 金币+5, 谢谢，应该是准备文件的问题，有些信息不完善，比如电荷等等，就变成这样了，现在解决了 2012-05-09 10:39:23
软件显示的问题。不影响结果。
只要原子类型对了就OK，和单双建没有关系。
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2楼2012-05-08 15:40:22
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xxwn

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nkyx at 2012-05-08 15:40:22:
软件显示的问题。不影响结果。
只要原子类型对了就OK，和单双建没有关系。

具体怎么讲呢？原子类型不变，那如果原来认定原子类型为ar，现在为sp2，也是可以的吗？
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3楼2012-05-08 16:30:59
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tenkou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖: 金币+1, 谢谢~~ 2012-05-08 20:00:58
引用回帖:
3楼: Originally posted by xxwn at 2012-05-08 16:30:59:
具体怎么讲呢？原子类型不变，那如果原来认定原子类型为ar，现在为sp2，也是可以的吗？

你的原子类型不对吧。拟合的力场有问题？
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4楼2012-05-08 18:11:33
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xxwn

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tenkou at 2012-05-08 18:11:33:
你的原子类型不对吧。拟合的力场有问题？

应该不是，没有到力场那一步已经变成这种结构，在生成prepi文件时，出现了一个NEWPDB.pdb的文件，结构已经变成这样。
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5楼2012-05-08 18:57:52
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