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vip_zzc铜虫 (小有名气)
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[交流]
【讨论】（急！！）如何用AMBER模拟RNA/DNA，关键是怎么处理输入文件！！
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本人在模拟核酸过程中遇到非常棘手的问题。 目前用的版本是 AMBER8，教程上说10（或者10）以前的版本会报错，提示 有不能识别的原子。 Created a new atom named: H5'' within residue: .R Created a new atom named: H2' within residue: .R Created a new atom named: H2'' within residue: .R Added missing heavy atom: .R Added missing heavy atom: .R Created a new atom named: OP1 within residue: .R Created a new atom named: OP2 within residue: .R Created a new atom named: H5' within residue: .R Created a new atom named: H5'' within residue: .R Created a new atom named: H2' within residue: .R Created a new atom named: H2'' within residue: .R Added missing heavy atom: .R Added missing heavy atom: .R Created a new atom named: OP1 within residue: .R Created a new atom named: OP2 within residue: .R Created a new atom named: H5' within residue: .R Created a new atom named: H5'' within residue: .R Created a new atom named: H2' within residue: .R Created a new atom named: H2'' within residue: .R Added missing heavy atom: .R Added missing heavy atom: .R Created a new atom named: OP1 within residue: .R Created a new atom named: OP2 within residue: .R Created a new atom named: H5' within residue: .R Created a new atom named: H5'' within residue: .R Created a new atom named: H2' within residue: .R Created a new atom named: H2'' within residue: .R Created a new atom named: HO3' within residue: .R 但参看一些资料有人用AMBER6 都模拟出来了。。 AMBER是完全可以做出来的，关键是PDB输入文件的该如何处理。。 现在很着急,摸索了好久一点进展都没有.... 请教哪位有 用AMBER模拟过RNA/DNA的, 恳请能提供帮助,万分感谢!!!!! QQ:350282689 E-mial:vip_zzc@emails.bjut.edu.cn |
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