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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）
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floon

银虫 (初入文坛)

[求助] 活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）

求助大侠们：蛋白为双铜中心，每个铜配位3个His，现在想用amber要跑一个空蛋白的动力学，如何开发铜中心的力场参数，就是frcmod文件的准备？
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独自漫步
1楼 2012-11-20 18:09:54
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
我现在刚开始学习amber，你知道锌酶中的锌力场参数吗？谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
2楼2012-11-26 16:21:32
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
引用回帖:
2楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-26 16:21:32
我现在刚开始学习amber，你知道锌酶中的锌力场参数吗？谢谢

如果是锌的参数，可以参考这篇文献，有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/

铜的话比较少，电荷可以自己用高斯算，推荐用R.E.D
键长键角参数最好是去文献里面找，实在没办法了才选自自己发展。也可以用上面那个MCPB的方法
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floon
3楼2012-11-26 22:13:18
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floon

银虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-11-26 22:13:18
如果是锌的参数，可以参考这篇文献，有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/

铜的话比较少，电荷可以自己用高斯算，推荐用R.E.D
键长键角参数最好是去文献里面找，实在没办法了才选 ...

你好，我的蛋白是PDB库里下载的，然后我是将活性中心的两个铜和配位的6个his拿出来，在高斯下固定两个铜，进行优化和频率以及ESP电荷的计算，然后写frcmod文件的时候，不知道如何从高斯输出文件中把拉伸力常数和扭曲力常数提取出来？
文献里的都是不同体系的键长键角，可以直接拿来用吗？
MCPB你指得是amber里的Metal Center Parameter Builder ？这个我不太会用，看什么能够比较快上手？
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独自漫步
4楼2012-11-27 21:52:38
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-11-28 10:37:29
amber里面有个叫MTK++的组件，在MTK++的manual里面有一章讲的是MCPB，有个tutorial可以跟着做，不过也是比较麻烦。它的原理就是从gauss的log文件里提取频率等信息，转化成键能参数。手动提到话我也不太会，可能要用到专门的脚本。

不同的体系关系我觉得不太大，因为你算得时候本来就只把活性中心附近的残基抠出来的，没有考虑其他残基的作用，优化以后可能就可pdb结构不一样了
不过还是越接近越好，起码也要是6个his和两个cu配位的结构（也许不太好找）。。。你可以发邮件给发展MCPB方法的那个组，或在amber论坛上求助，看有没有现成的参数
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floon
5楼2012-11-27 22:46:51
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floon

银虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-11-27 22:46:51
amber里面有个叫MTK++的组件，在MTK++的manual里面有一章讲的是MCPB，有个tutorial可以跟着做，不过也是比较麻烦。它的原理就是从gauss的log文件里提取频率等信息，转化成键能参数。手动提到话我也不太会，可能要用 ...

谢谢，最后问下MCPB那个组的邮箱写哪一个，是Martin B. Peters (martin.b.peters@gmail.com)这个吗？
是分子模拟论坛上的amber板块吗？还是Center for Structural Biology的AMBER Archive ？  问的有点多，不要介意啊.
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独自漫步
6楼2012-11-28 10:27:51
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

没事～
http://archive.ambermd.org/ 这个上面找或者问

邮箱应该就是那个，他们组有中国学生
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7楼2012-11-28 12:41:18
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