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活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）
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| 求助大侠们：蛋白为双铜中心，每个铜配位3个His，现在想用amber要跑一个空蛋白的动力学，如何开发铜中心的力场参数，就是frcmod文件的准备？ |
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 amber |
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2楼2012-11-26 16:21:32
lujunyan1118
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【答案】应助回帖
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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
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如果是锌的参数，可以参考这篇文献，有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/ 铜的话比较少，电荷可以自己用高斯算，推荐用R.E.D 键长键角参数最好是去文献里面找，实在没办法了才选自自己发展。也可以用上面那个MCPB的方法 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2012-11-26 22:13:18
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lujunyan1118
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【答案】应助回帖
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zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-11-28 10:37:29
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amber里面有个叫MTK++的组件，在MTK++的manual里面有一章讲的是MCPB，有个tutorial可以跟着做，不过也是比较麻烦。它的原理就是从gauss的log文件里提取频率等信息，转化成键能参数。手动提到话我也不太会，可能要用到专门的脚本。 不同的体系关系我觉得不太大，因为你算得时候本来就只把活性中心附近的残基抠出来的，没有考虑其他残基的作用，优化以后可能就可pdb结构不一样了 不过还是越接近越好，起码也要是6个his和两个cu配位的结构（也许不太好找）。。。你可以发邮件给发展MCPB方法的那个组，或在amber论坛上求助，看有没有现成的参数 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
5楼2012-11-27 22:46:51
送鲜花一朵 |
谢谢，最后问下MCPB那个组的邮箱写哪一个，是Martin B. Peters (martin.b.peters@gmail.com)这个吗？ 是分子模拟论坛上的amber板块吗？还是Center for Structural Biology的AMBER Archive ？ 问的有点多，不要介意啊. |
6楼2012-11-28 10:27:51
lujunyan1118
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