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floon

银虫 (初入文坛)

[求助] 活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟(Amber)

求助大侠们:蛋白为双铜中心,每个铜配位3个His,现在想用amber要跑一个空蛋白的动力学,如何开发铜中心的力场参数,就是frcmod文件的准备?
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独自漫步
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floon

银虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-11-27 22:46:51
amber里面有个叫MTK++的组件,在MTK++的manual里面有一章讲的是MCPB,有个tutorial可以跟着做,不过也是比较麻烦。它的原理就是从gauss的log文件里提取频率等信息,转化成键能参数。手动提到话我也不太会,可能要用 ...

谢谢,最后问下MCPB那个组的邮箱写哪一个,是Martin B. Peters (martin.b.peters@gmail.com)这个吗?
是分子模拟论坛上的amber板块吗?还是Center for Structural Biology的AMBER Archive ?  问的有点多,不要介意啊.
独自漫步
6楼2012-11-28 10:27:51
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

我现在刚开始学习amber,你知道锌酶中的锌力场参数吗?谢谢
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
2楼2012-11-26 16:21:32
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
引用回帖:
2楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-26 16:21:32
我现在刚开始学习amber,你知道锌酶中的锌力场参数吗?谢谢

如果是锌的参数,可以参考这篇文献,有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/

铜的话比较少,电荷可以自己用高斯算,推荐用R.E.D
键长键角参数最好是去文献里面找,实在没办法了才选自自己发展。也可以用上面那个MCPB的方法

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-11-26 22:13:18
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floon

银虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-11-26 22:13:18
如果是锌的参数,可以参考这篇文献,有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/

铜的话比较少,电荷可以自己用高斯算,推荐用R.E.D
键长键角参数最好是去文献里面找,实在没办法了才选 ...

你好,我的蛋白是PDB库里下载的,然后我是将活性中心的两个铜和配位的6个his拿出来,在高斯下固定两个铜,进行优化和频率以及ESP电荷的计算,然后写frcmod文件的时候,不知道如何从高斯输出文件中把拉伸力常数和扭曲力常数提取出来?
文献里的都是不同体系的键长键角,可以直接拿来用吗?
MCPB你指得是amber里的Metal Center Parameter Builder ?这个我不太会用,看什么能够比较快上手?
独自漫步
4楼2012-11-27 21:52:38
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