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活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）
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| 求助大侠们：蛋白为双铜中心，每个铜配位3个His，现在想用amber要跑一个空蛋白的动力学，如何开发铜中心的力场参数，就是frcmod文件的准备？ |
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 amber |
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送鲜花一朵 |
谢谢，最后问下MCPB那个组的邮箱写哪一个，是Martin B. Peters (martin.b.peters@gmail.com)这个吗？ 是分子模拟论坛上的amber板块吗？还是Center for Structural Biology的AMBER Archive ？ 问的有点多，不要介意啊. |
6楼2012-11-28 10:27:51
游子8921
铁杆木虫 (知名作家)
游子8921
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2楼2012-11-26 16:21:32
lujunyan1118
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【答案】应助回帖
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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
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如果是锌的参数，可以参考这篇文献，有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/ 铜的话比较少，电荷可以自己用高斯算，推荐用R.E.D 键长键角参数最好是去文献里面找，实在没办法了才选自自己发展。也可以用上面那个MCPB的方法 |
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3楼2012-11-26 22:13:18
4楼2012-11-27 21:52:38