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活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟(Amber)
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| 求助大侠们:蛋白为双铜中心,每个铜配位3个His,现在想用amber要跑一个空蛋白的动力学,如何开发铜中心的力场参数,就是frcmod文件的准备? |
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amber |
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求,铜离子及EDTA对蛋白酶活性的影响与原因
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送鲜花一朵 |
谢谢,最后问下MCPB那个组的邮箱写哪一个,是Martin B. Peters (martin.b.peters@gmail.com)这个吗? 是分子模拟论坛上的amber板块吗?还是Center for Structural Biology的AMBER Archive ? 问的有点多,不要介意啊. |

6楼2012-11-28 10:27:51
游子8921
铁杆木虫 (知名作家)
游子8921
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2楼2012-11-26 16:21:32
lujunyan1118
金虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
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如果是锌的参数,可以参考这篇文献,有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/ 铜的话比较少,电荷可以自己用高斯算,推荐用R.E.D 键长键角参数最好是去文献里面找,实在没办法了才选自自己发展。也可以用上面那个MCPB的方法 |
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3楼2012-11-26 22:13:18

4楼2012-11-27 21:52:38













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