| 查看: 1535 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟（Amber）
|
|||
| 求助大侠们：蛋白为双铜中心，每个铜配位3个His，现在想用amber要跑一个空蛋白的动力学，如何开发铜中心的力场参数，就是frcmod文件的准备？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber |
» 猜你喜欢
0854调剂
已经有4人回复
-
一志愿085502，267分求调剂
已经有14人回复
-
297工科，求调剂?
已经有3人回复
-
复试调剂
已经有15人回复
-
化学070300 求调剂
已经有5人回复
-
277求调剂
已经有22人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有29人回复
-
生物学308求调剂
已经有5人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有29人回复
-
2本，初试303，0860求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求，铜离子及EDTA对蛋白酶活性的影响与原因
已经有1人回复
lujunyan1118
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1306.9
- 帖子: 73
- 在线: 20.4小时
- 虫号: 871655
- 注册: 2009-10-14
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
7楼2012-11-28 12:41:18
游子8921
铁杆木虫 (知名作家)
游子8921
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 8915.2
- 散金: 132
- 红花: 5
- 帖子: 6402
- 在线: 750.9小时
- 虫号: 685694
- 注册: 2009-01-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2012-11-26 16:21:32
lujunyan1118
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1306.9
- 帖子: 73
- 在线: 20.4小时
- 虫号: 871655
- 注册: 2009-10-14
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
|
如果是锌的参数，可以参考这篇文献，有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/ 铜的话比较少，电荷可以自己用高斯算，推荐用R.E.D 键长键角参数最好是去文献里面找，实在没办法了才选自自己发展。也可以用上面那个MCPB的方法 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
floon3楼2012-11-26 22:13:18
4楼2012-11-27 21:52:38
