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floon

银虫 (初入文坛)

[求助] 活性中心含双铜的蛋白酶的分子动力学模拟(Amber)

求助大侠们:蛋白为双铜中心,每个铜配位3个His,现在想用amber要跑一个空蛋白的动力学,如何开发铜中心的力场参数,就是frcmod文件的准备?
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独自漫步
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

没事~
http://archive.ambermd.org/ 这个上面找或者问

邮箱应该就是那个,他们组有中国学生
7楼2012-11-28 12:41:18
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查看全部 7 个回答

游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

我现在刚开始学习amber,你知道锌酶中的锌力场参数吗?谢谢
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
2楼2012-11-26 16:21:32
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-26 22:33:26
引用回帖:
2楼: Originally posted by 游子8921 at 2012-11-26 16:21:32
我现在刚开始学习amber,你知道锌酶中的锌力场参数吗?谢谢

如果是锌的参数,可以参考这篇文献,有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/

铜的话比较少,电荷可以自己用高斯算,推荐用R.E.D
键长键角参数最好是去文献里面找,实在没办法了才选自自己发展。也可以用上面那个MCPB的方法

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-11-26 22:13:18
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floon

银虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-11-26 22:13:18
如果是锌的参数,可以参考这篇文献,有很多现成的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2941202/

铜的话比较少,电荷可以自己用高斯算,推荐用R.E.D
键长键角参数最好是去文献里面找,实在没办法了才选 ...

你好,我的蛋白是PDB库里下载的,然后我是将活性中心的两个铜和配位的6个his拿出来,在高斯下固定两个铜,进行优化和频率以及ESP电荷的计算,然后写frcmod文件的时候,不知道如何从高斯输出文件中把拉伸力常数和扭曲力常数提取出来?
文献里的都是不同体系的键长键角,可以直接拿来用吗?
MCPB你指得是amber里的Metal Center Parameter Builder ?这个我不太会用,看什么能够比较快上手?
独自漫步
4楼2012-11-27 21:52:38
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