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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Amber 分子动力学 求助！！！！
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)

[求助] Amber 分子动力学 求助！！！！

大家好！我用amber软件跑了100ns的动力学模拟，采用周期性边界条件，显性水溶剂模型，之前没有在输入文件中加入iwrap=1这个参数，跑到50ns的时候自动断掉！此时最后一帧构象中有的原子坐标为“****”，导致下一步不能读取.rst文件继续往下计算，（PS：原因是某些原子的坐标跑出了水盒子？？）

加了iwrap=1这个命令后，可以跑完100ns，但是提取最后一帧构象发现，原来的蛋白构象（二聚体）跑散了！！！其中的配体也远离蛋白！！请问一下，这是怎么回事？？这个问题该如何解决？？急死人啊！！跑了很多天才跑完，无语了。。。。
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超人不会飞
1楼 2013-10-14 22:11:09
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-15 10:13:00
周期性边界也会跑出盒子？ lz应该把 那50ns的轨迹好好看看再下定论
你做的是高温下的动力学么？ 从来没加过iwrap=1这个选项
分开的原因还是很有可能电荷排斥吧

的确采用的周期性边界条件，50ns后的rst文件中出现了*****，查了其他人遇到的问题，有人回复说是某些原子坐标超出盒子范围了。我模拟温度是343K，不加iwrap=1这个参数，二聚体不会分开。加了之后，可以继续跑，但我疯了。。。。。
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超人不会飞
5楼2013-10-15 11:35:10
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tsingtaobeer

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先100ns你觉得有必要么？其次你的蛋白是两段吗？再则小分子跑出去也属于正常啊，结合力不牢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-10-15 01:24:03
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tsingtaobeer at 2013-10-15 01:24:03
首先100ns你觉得有必要么？其次你的蛋白是两段吗？再则小分子跑出去也属于正常啊，结合力不牢

首先非常感谢你的回复！对于我这个体系，由于是探索二聚体构象变化，100ns已经算是比较少的了。蛋白是二聚体，就算分离也不会变得那么不靠谱。小分子是ATP，与其中一个单体结合非常牢固。是不是在加了iwrap=1这个参数后，需要对轨迹做什么特殊处理？恢复镜像？？
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超人不会飞
3楼2013-10-15 09:38:30
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
周期性边界也会跑出盒子？ lz应该把 那50ns的轨迹好好看看再下定论
你做的是高温下的动力学么？ 从来没加过iwrap=1这个选项
分开的原因还是很有可能电荷排斥吧
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4楼2013-10-15 10:13:00
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