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转基因猴子

木虫 (正式写手)

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专业: 生物化学

[求助] gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子已有3人参与

最近使用gromacs对我的目的蛋白进行分子模拟。box使用cubic，直径为1.0，在350K下50ns蛋白跑出了盒子。然后把直径调整为1.5nm，50ns跑完后蛋白依旧跑出了盒子。这是为何呀？是不是我参数哪里设错了？
下面附上我最后MD时的参数：
title             =  Yo
cpp                =  /usr/bin/cpp
constraints       =  all-bonds
integrator       =  md
dt                =  0.002 ; ps !
nsteps             =  25000000 ; total 10 ps.
nstxout          =  2000
nstvout          =  2000
nstfout          =  0
nstlog             =  2000
nstenergy          =  2000
ns_type          =  grid
rlist             =  1.0
coulombtype       =  PME
rcoulomb          =  1.0
vdwtype          =  cut-off
rvdw             =  1.4
fourierspacing    =  0.12
fourier_nx       =  0
fourier_ny       =  0
fourier_nz       =  0
pme_order          =  4
ewald_rtol       =  1e-5
optimize_fft       =  yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl             =  v-rescale
tc-grps       =  Protein non-protein
tau_t             =  0.1 0.1
ref_t             =  450 450
; Energy monitoring
energygrps       =  Protein non-protein
; Pressure coupling is on
Pcoupl             =  Parrinello-Rahman
Pcoupltype       =  isotropic
tau_p             =  2
compressibility    =  4.5e-5
ref_p             =  1.0
; Generate velocites is on at 450 K.
gen_vel          =  yes
gen_temp          =  450.0
gen_seed          =  173529

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我还年轻，我要上路！

1楼 2014-04-01 22:00:07

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送红花一朵

引用回帖:

13楼: Originally posted by xueer小雯 at 2014-04-04 10:10:16
因为蛋白可能会跳在两个盒子之间，修正轨迹后才能在一个盒子里计算，修正是为了计算方便。否则例如跨盒子的两个原子之间的距离它可能告诉你的就变成了该盒子中这两个原子的距离，这时候就有了一个盒子的距离差，你 ...

我明白了，非常感谢你的解答

[ 发自小木虫客户端 ]