| 查看: 4884 | 回复: 19 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
转基因猴子木虫 (正式写手)
|
[求助]
gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子 已有3人参与
|
||
|
最近使用gromacs对我的目的蛋白进行分子模拟。box使用cubic，直径为1.0，在350K下50ns蛋白跑出了盒子。然后把直径调整为1.5nm，50ns跑完后蛋白依旧跑出了盒子。这是为何呀？是不是我参数哪里设错了？ 下面附上我最后MD时的参数： title = Yo cpp = /usr/bin/cpp constraints = all-bonds integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 25000000 ; total 10 ps. nstxout = 2000 nstvout = 2000 nstfout = 0 nstlog = 2000 nstenergy = 2000 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in two groups Tcoupl = v-rescale tc-grps = Protein non-protein tau_t = 0.1 0.1 ref_t = 450 450 ; Energy monitoring energygrps = Protein non-protein ; Pressure coupling is on Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = isotropic tau_p = 2 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 ; Generate velocites is on at 450 K. gen_vel = yes gen_temp = 450.0 gen_seed = 173529 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs |
» 猜你喜欢
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有5人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有86人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有11人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有10人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有4人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有15人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有9人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析
已经有12人回复
- Gromacs运算结束后如何提取某指定模拟时间的蛋白质结构？
已经有3人回复
- 蛋白之间相互作用的残基及作用力
已经有3人回复
- 关于gromacs续跑连接文件的问题
已经有5人回复
- 求助：Gromacs平衡时蛋白跑出盒子了，怎么办？
已经有7人回复
- 急求：gromacs各种能量计算
已经有3人回复
- 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
已经有4人回复
- Amber 分子动力学 求助！！！！
已经有10人回复
- gromacs主页的蛋白质与配体作用
已经有5人回复
- 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子
已经有10人回复
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- VMD怎么显示模拟盒子的边界？
已经有6人回复
- discover模拟，分子跑到盒子外面怎么办
已经有5人回复
- GROMACS安装时总是出现configure: error: Unknown FFT library，请问是什么原因
已经有9人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- 请教做MD计算时，蛋白质分子有一部分跑出水盒子
已经有9人回复
- 【求助】水盒子问题
已经有17人回复
转基因猴子
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 3791.5
- 散金: 29
- 红花: 4
- 帖子: 784
- 在线: 277.7小时
- 虫号: 450786
- 注册: 2007-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
10楼2014-04-02 21:40:51
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
2楼2014-04-01 22:13:54
转基因猴子
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 3791.5
- 散金: 29
- 红花: 4
- 帖子: 784
- 在线: 277.7小时
- 虫号: 450786
- 注册: 2007-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2014-04-02 06:12:11
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
4楼2014-04-02 06:48:07
