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分子动力学的时间
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我想问问各位大神 你们跑分子动力学 一般运行时间是多长 我用DS做，已经跑了100多小时了 不知道是不是死循环了 最后production设置是800ps的 蛋白是90多个氨基酸 |
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【答案】应助回帖
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asd724210: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-04-03 14:28:28
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| 不知道你的DS是安装在什么样的操作环境下的，如果是WIN环境下的话，长时间的用DS进行动力学模拟很有可能会把机器给算死机了。DS的分子动力学模拟采用的是全原子的CHARMM力场，因此相对于其他动力学模拟软件—（如AMBER,GROMACS等）速度会相对慢一点，但是全原子力场是有它自己的优势的。至于计算有没有进入死循环，WIN的话看看任务管理器中的相应进程，LINUX的话在终端下打TOP命令就能看到了。一般DS分子动力学模拟的进程应该是CHARMM.MPI（并行）的。 |
8楼2013-04-02 10:01:40
9楼2013-04-03 14:35:56
wangyan10
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