24小时热门版块排行榜    

查看: 5106  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学的时间

我想问问各位大神
你们跑分子动力学
一般运行时间是多长
我用DS做,已经跑了100多小时了
不知道是不是死循环了
最后production设置是800ps的
蛋白是90多个氨基酸
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MD资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd724210

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-04-02 10:01:40
不知道你的DS是安装在什么样的操作环境下的,如果是WIN环境下的话,长时间的用DS进行动力学模拟很有可能会把机器给算死机了。DS的分子动力学模拟采用的是全原子的CHARMM力场,因此相对于其他动力学模拟软件—(如AM ...

谢谢
如果我把1ns的production分成两个500ps
这样可不可行
我怕一次跑太长时间会死循环
DS是装在win环境下的。。
9楼2013-04-03 14:35:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-02 08:24:38
你是用的哪个模块跑动力学的?我用的forcite模块1000ps也就八九个小时,不过我的体系比较小(一共600多个原子),那你跑动力学这么长时间进度有变化吗?我感觉用不了这么长时间吧!
2楼2013-04-01 11:38:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd724210

银虫 (初入文坛)

chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-02 08:25:12
chaizhm: 金币-1 2013-04-02 08:25:39
引用回帖:
2楼: Originally posted by tylgd2011 at 2013-04-01 11:38:11
你是用的哪个模块跑动力学的?我用的forcite模块1000ps也就八九个小时,不过我的体系比较小(一共600多个原子),那你跑动力学这么长时间进度有变化吗?我感觉用不了这么长时间吧!

我用的是standard dynamics cascade
进度有变化
到最后一步了
可是这一步运行时间按比之前几步总和都要长
3楼2013-04-01 14:43:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yezhongfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我用的是standard dynamics cascade
进度有变化
到最后一步了
可是这一步运行时间按比之前几步总和都要长
希望若不熄灭,便会亮成心中的星光
4楼2013-04-01 18:07:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 PnssoZglMj3v 2026-08-19 5/250 2026-08-19 17:42 by oCMhZAsgNFoO
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +53 医学老男孩 2026-08-13 117/5850 2026-08-19 17:12 by 医学老男孩
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +4 瞬息宇宙 2026-08-15 4/200 2026-08-19 16:23 by allmydream
[基金申请] 今天放榜吗? +12 布布和一二 2026-08-19 13/650 2026-08-19 14:33 by 陈晨晨陈啊
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +8 kkkl_v 2026-08-19 8/400 2026-08-19 12:34 by Vivilian
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +10 基诺咪客 2026-08-17 14/700 2026-08-19 10:34 by 基诺咪客
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
信息提示
请填处理意见