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shui449

银虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学计算

想向大家请教一下,做分子动力学计算后,能量模拟随时间的变化曲线是怎么得到的?
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iamikaruk

木虫 (著名写手)

迅速收敛至一个稳定值
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
2楼2012-06-06 16:37:15
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shui449

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 16:37:15
迅速收敛至一个稳定值

不明白你的意思
3楼2012-06-06 17:06:05
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iamikaruk

木虫 (著名写手)


xueht987: , 谢谢回帖! 2012-06-07 12:50:48
WDD880227: 金币+1, 感谢提示 2012-06-07 16:54:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-06 17:06:05
不明白你的意思...

如果你的计算参数设置合理的话,会收敛到一个固定的能量值
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
4楼2012-06-06 18:19:52
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖,鼓励交流! 2012-06-07 12:51:07
每一步都会给出能量值, 而MD每一步你都会设置步长的,应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量?用grep命令可以解决
5楼2012-06-07 11:17:04
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shui449

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 18:19:52
如果你的计算参数设置合理的话,会收敛到一个固定的能量值...

是这样的,能量达到稳定才能说明系统处于平衡状态
6楼2012-06-07 15:17:43
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shui449

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by xhzha at 2012-06-07 11:17:04
每一步都会给出能量值, 而MD每一步你都会设置步长的,应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量?用grep命令可以解决

是的,结果文件中有每一步计算的能量值,我就是想得到能量随时间的变化曲线。我想请教一下,怎么提取其中的能量数据?
7楼2012-06-07 15:21:54
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


shui449: 金币+1, 有帮助 2012-06-07 16:04:56
引用回帖:
7楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-07 15:21:54
是的,结果文件中有每一步计算的能量值,我就是想得到能量随时间的变化曲线。我想请教一下,怎么提取其中的能量数据?...

上面已经说了哈,用grep命令就可以实现,你百度下grep这个命令。将每步的能量写到一个dat文件里,就可以画图了
8楼2012-06-07 15:28:15
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shui449

银虫 (小有名气)

liliangfang: , 屏蔽乱码 2012-06-07 18:39:17
liliangfang: 屏蔽内容 2012-06-07 18:39:23
本帖内容被屏蔽

9楼2012-06-07 16:04:18
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shui449

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by xhzha at 2012-06-07 15:28:15
上面已经说了哈,用grep命令就可以实现,你百度下grep这个命令。将每步的能量写到一个dat文件里,就可以画图了...

谢谢,我看了一下,用那个grep命令好像可以,但是能不能请教一下具体怎么操作,好像还有下个什么软件。
10楼2012-06-07 16:30:42
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