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shui449

银虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学计算

想向大家请教一下,做分子动力学计算后,能量模拟随时间的变化曲线是怎么得到的?
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖,鼓励交流! 2012-06-07 12:51:07
每一步都会给出能量值, 而MD每一步你都会设置步长的,应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量?用grep命令可以解决
5楼2012-06-07 11:17:04
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iamikaruk

木虫 (著名写手)

迅速收敛至一个稳定值
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
2楼2012-06-06 16:37:15
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shui449

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 16:37:15
迅速收敛至一个稳定值

不明白你的意思
3楼2012-06-06 17:06:05
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iamikaruk

木虫 (著名写手)


xueht987: , 谢谢回帖! 2012-06-07 12:50:48
WDD880227: 金币+1, 感谢提示 2012-06-07 16:54:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-06 17:06:05
不明白你的意思...

如果你的计算参数设置合理的话,会收敛到一个固定的能量值
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
4楼2012-06-06 18:19:52
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