应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 分子动力学计算
121/2返回列表12下一页
查看: 1686  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shui449

银虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学计算

想向大家请教一下，做分子动力学计算后，能量模拟随时间的变化曲线是怎么得到的？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-06 15:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
迅速收敛至一个稳定值
赞一下 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
2楼2012-06-06 16:37:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 16:37:15
迅速收敛至一个稳定值

不明白你的意思
回复此楼
3楼2012-06-06 17:06:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
xueht987: , 谢谢回帖！ 2012-06-07 12:50:48
WDD880227: 金币+1, 感谢提示 2012-06-07 16:54:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-06 17:06:05
不明白你的意思...

如果你的计算参数设置合理的话，会收敛到一个固定的能量值
赞一下 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
4楼2012-06-06 18:19:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-07 12:51:07
每一步都会给出能量值， 而MD每一步你都会设置步长的，应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量？用grep命令可以解决
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-07 11:17:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 18:19:52
如果你的计算参数设置合理的话，会收敛到一个固定的能量值...

是这样的，能量达到稳定才能说明系统处于平衡状态
赞一下 回复此楼
6楼2012-06-07 15:17:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xhzha at 2012-06-07 11:17:04
每一步都会给出能量值， 而MD每一步你都会设置步长的，应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量？用grep命令可以解决

是的，结果文件中有每一步计算的能量值，我就是想得到能量随时间的变化曲线。我想请教一下，怎么提取其中的能量数据？
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-07 15:21:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
shui449: 金币+1, ★有帮助 2012-06-07 16:04:56
引用回帖:
7楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-07 15:21:54
是的，结果文件中有每一步计算的能量值，我就是想得到能量随时间的变化曲线。我想请教一下，怎么提取其中的能量数据？...

上面已经说了哈，用grep命令就可以实现，你百度下grep这个命令。将每步的能量写到一个dat文件里，就可以画图了
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-07 15:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
liliangfang: , 屏蔽乱码 2012-06-07 18:39:17
liliangfang: 屏蔽内容 2012-06-07 18:39:23
本帖内容被屏蔽
9楼2012-06-07 16:04:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xhzha at 2012-06-07 15:28:15
上面已经说了哈，用grep命令就可以实现，你百度下grep这个命令。将每步的能量写到一个dat文件里，就可以画图了...

谢谢，我看了一下，用那个grep命令好像可以，但是能不能请教一下具体怎么操作，好像还有下个什么软件。
赞一下 回复此楼
10楼2012-06-07 16:30:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shui449 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 281求调剂（0805） +7 烟汐忆海 2026-03-16 17/850 2026-03-19 09:55 by 30660438
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +10 秋有木北 2026-03-14 10/500 2026-03-19 05:52 by anny19840123
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 304求调剂 +12 小熊joy 2026-03-14 13/650 2026-03-18 12:34 by Linda Hu
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 301求调剂 +9 yy要上岸呀 2026-03-17 9/450 2026-03-18 08:58 by 无际的草原
[考研] 268求调剂 +7 好运连绵不绝 2026-03-12 8/400 2026-03-17 20:28 by xilongliang
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭