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shui449

银虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学计算

想向大家请教一下，做分子动力学计算后，能量模拟随时间的变化曲线是怎么得到的？
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1楼 2012-06-06 15:29:19
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
迅速收敛至一个稳定值
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
2楼2012-06-06 16:37:15
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shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 16:37:15
迅速收敛至一个稳定值

不明白你的意思
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3楼2012-06-06 17:06:05
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
xueht987: , 谢谢回帖！ 2012-06-07 12:50:48
WDD880227: 金币+1, 感谢提示 2012-06-07 16:54:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-06 17:06:05
不明白你的意思...

如果你的计算参数设置合理的话，会收敛到一个固定的能量值
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
4楼2012-06-06 18:19:52
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-07 12:51:07
每一步都会给出能量值， 而MD每一步你都会设置步长的，应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量？用grep命令可以解决
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5楼2012-06-07 11:17:04
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shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 18:19:52
如果你的计算参数设置合理的话，会收敛到一个固定的能量值...

是这样的，能量达到稳定才能说明系统处于平衡状态
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6楼2012-06-07 15:17:43
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shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xhzha at 2012-06-07 11:17:04
每一步都会给出能量值， 而MD每一步你都会设置步长的，应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量？用grep命令可以解决

是的，结果文件中有每一步计算的能量值，我就是想得到能量随时间的变化曲线。我想请教一下，怎么提取其中的能量数据？
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7楼2012-06-07 15:21:54
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
shui449: 金币+1, ★有帮助 2012-06-07 16:04:56
引用回帖:
7楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-07 15:21:54
是的，结果文件中有每一步计算的能量值，我就是想得到能量随时间的变化曲线。我想请教一下，怎么提取其中的能量数据？...

上面已经说了哈，用grep命令就可以实现，你百度下grep这个命令。将每步的能量写到一个dat文件里，就可以画图了
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8楼2012-06-07 15:28:15
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shui449

银虫 (小有名气)
liliangfang: , 屏蔽乱码 2012-06-07 18:39:17
liliangfang: 屏蔽内容 2012-06-07 18:39:23
本帖内容被屏蔽
9楼2012-06-07 16:04:18
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shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xhzha at 2012-06-07 15:28:15
上面已经说了哈，用grep命令就可以实现，你百度下grep这个命令。将每步的能量写到一个dat文件里，就可以画图了...

谢谢，我看了一下，用那个grep命令好像可以，但是能不能请教一下具体怎么操作，好像还有下个什么软件。
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10楼2012-06-07 16:30:42
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