应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 分子动力学计算
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
121/2返回列表12下一页
查看: 1739  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shui449

银虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学计算

想向大家请教一下，做分子动力学计算后，能量模拟随时间的变化曲线是怎么得到的？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-06 15:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
迅速收敛至一个稳定值
赞一下 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
2楼2012-06-06 16:37:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 16:37:15
迅速收敛至一个稳定值

不明白你的意思
回复此楼
3楼2012-06-06 17:06:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
xueht987: , 谢谢回帖！ 2012-06-07 12:50:48
WDD880227: 金币+1, 感谢提示 2012-06-07 16:54:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-06 17:06:05
不明白你的意思...

如果你的计算参数设置合理的话，会收敛到一个固定的能量值
赞一下 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
4楼2012-06-06 18:19:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-07 12:51:07
每一步都会给出能量值， 而MD每一步你都会设置步长的，应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量？用grep命令可以解决
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-07 11:17:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 18:19:52
如果你的计算参数设置合理的话，会收敛到一个固定的能量值...

是这样的，能量达到稳定才能说明系统处于平衡状态
赞一下 回复此楼
6楼2012-06-07 15:17:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xhzha at 2012-06-07 11:17:04
每一步都会给出能量值， 而MD每一步你都会设置步长的，应该就可以得到能量和时间的曲线。我想你的问题是不是怎么得到每一步的能量？用grep命令可以解决

是的，结果文件中有每一步计算的能量值，我就是想得到能量随时间的变化曲线。我想请教一下，怎么提取其中的能量数据？
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-07 15:21:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
shui449: 金币+1, ★有帮助 2012-06-07 16:04:56
引用回帖:
7楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-07 15:21:54
是的，结果文件中有每一步计算的能量值，我就是想得到能量随时间的变化曲线。我想请教一下，怎么提取其中的能量数据？...

上面已经说了哈，用grep命令就可以实现，你百度下grep这个命令。将每步的能量写到一个dat文件里，就可以画图了
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-07 15:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
liliangfang: , 屏蔽乱码 2012-06-07 18:39:17
liliangfang: 屏蔽内容 2012-06-07 18:39:23
本帖内容被屏蔽
9楼2012-06-07 16:04:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xhzha at 2012-06-07 15:28:15
上面已经说了哈，用grep命令就可以实现，你百度下grep这个命令。将每步的能量写到一个dat文件里，就可以画图了...

谢谢，我看了一下，用那个grep命令好像可以，但是能不能请教一下具体怎么操作，好像还有下个什么软件。
赞一下 回复此楼
10楼2012-06-07 16:30:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shui449 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 计算机11408 287 求调剂 +3 LiLe5 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:15 by shanqishi
[考研] 0854电子信息319求调剂（接受跨专业调剂） +5 星星不眨眼喽 2026-04-05 6/300 2026-04-07 22:16 by hemengdong
[考研] 285求调剂 +17 AZMK 2026-04-02 18/900 2026-04-07 20:31 by 蓝云思雨
[考研] 328求调剂 +4 ghhh88888 2026-04-06 5/250 2026-04-07 14:45 by ghhh88888
[考研] 080500求调剂 +12 黄宇博 2026-04-06 12/600 2026-04-07 12:41 by upczlm1989
[考研] 071000生物学调剂 +7 拉提桃 2026-04-06 7/350 2026-04-06 18:55 by 52305043001
[考研] 求调剂 +5 wos666 2026-04-03 5/250 2026-04-06 10:13 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +7 张.1 2026-04-05 7/350 2026-04-05 20:40 by 啵啵啵0119
[考研] 284求调剂 +7 徐同学_001 2026-04-04 13/650 2026-04-05 17:19 by yulian1987
[考研] 考研调剂 +11 小sun要好运 2026-04-04 11/550 2026-04-05 08:02 by qlm5820
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 10/500 2026-04-04 23:12 by 无际的草原
[考研] 085600调剂 +4 1amJJ 2026-04-02 4/200 2026-04-04 21:53 by hemengdong
[考研] 368求调剂 +5 今华习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 18:47 by imissbao
[考研] 266求调剂 +8 学员97LZgn 2026-04-03 8/400 2026-04-04 09:02 by 20021109
[考研] 材料科学与工程考研 +10 拯救皮特托先生 2026-04-02 10/500 2026-04-03 23:57 by userper
[考研] 322求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:23 by 科研小专家
[考研] 初试成绩337找调剂 +3 ??? ?. ? 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:43 by 土木硕士招生
[考研] 262求调剂 +6 励志一定发文章 2026-04-02 7/350 2026-04-03 09:54 by linyelide
[考研] 一志愿武汉理工0856，初试334 +3 26考研材料 2026-04-02 3/150 2026-04-02 21:22 by dongzh2009
[硕博家园] 考研调剂 +5 骆驼男人 2026-04-01 5/250 2026-04-01 14:28 by syjjj0321
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭