应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 用分子动力学模拟退火进行分子对接
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
141/1返回列表
查看: 3105  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ValYu

银虫 (小有名气)

[交流] 用分子动力学模拟退火进行分子对接

我要处理一个蛋白和配体的对接，麻烦在于这个小分子配体是个大环结构，在Autodock之类的对接软件上无法柔性处理这个环，因此实际操作时总要预先准备一大堆构象进行多次对接，相当麻烦。

我的想法是利用模拟退火的原理，在Amber这样的分子动力学软件中处理这个体系，理论上只要平衡时间和退火时间足够长，一定能够得到全局能量最小值。

现在想听听各位对我这个构思的想法。我以docking或者simulated annealing为关键词搜出来的都是一些有关方法的文章，都是设计一个算法，然后用自己编写的软件实现，不怎么看得懂……另外如果用分子动力学就可以实现对接的话，还可以根据需要控制柔性，那些专门的对接软件又有什么优势呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

sybyl

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lujunyan1118

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-09-20 22:55:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fly00133

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-21 10:15:09
ValYu: 金币+5, 嗯，我们师兄说这个东西精度较差…… 2012-09-22 20:46:12
用SYBYL中的Surfelx-Dock可以解决这个问题，他支持小分子配体环结构的柔性处理
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-09-21 09:22:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

Chengxm

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ValYu: 金币+2, 之前用的就是autodock，vina是什么东东？ 2012-09-22 20:47:12
autodock 和vina 不可以吗？
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-21 11:15:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-09 22:43:10
ValYu: 金币+5, 感谢参与 2012-10-11 08:23:40
好想法，但是估计计算量会很大
这种方法对你初始把分子放到是么地方很敏感，初始位置不好直接跑出去了
所以要跑很多条轨迹
赞一下 回复此楼
4楼2012-10-09 22:01:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-10-09 22:01:55
好想法，但是估计计算量会很大
这种方法对你初始把分子放到是么地方很敏感，初始位置不好直接跑出去了
所以要跑很多条轨迹

我那个蛋白有一个闭合的活性空腔，把配体放进去就是了。如果仍然很麻烦的话，那可能还不如预先准备构象做对接了
赞一下 回复此楼
5楼2012-10-11 08:25:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ValYu: 金币+3 2012-10-11 10:51:03
专门的对接软件比起MD的优势就是快！呵呵~得到的不一定是全局最优的构象
赞一下 回复此楼
6楼2012-10-11 10:24:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，做蛋白和配体的对接这样的体系，一般有多大，用什么软件呢？
赞一下 回复此楼
7楼2012-10-12 10:20:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ruthxu at 2012-10-12 10:20:17
楼主，做蛋白和配体的对接这样的体系，一般有多大，用什么软件呢？

我们的蛋白也就四五百个残基吧，对接一般就用Autodock
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

ruthxu
8楼2012-10-14 11:05:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by ValYu at 2012-10-14 11:05:38
我们的蛋白也就四五百个残基吧，对接一般就用Autodock...

那对接后还进行动力学研究吗？我没有做过蛋白质体系，但很感兴趣，所以问题可能有点弱？呵呵
赞一下 回复此楼
9楼2012-10-15 10:31:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ruthxu at 2012-10-15 10:31:59
那对接后还进行动力学研究吗？我没有做过蛋白质体系，但很感兴趣，所以问题可能有点弱？呵呵...

要做动力学的，研究的就是配体和蛋白之间的相互作用
赞一下 回复此楼
10楼2012-10-18 19:09:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by ValYu at 2012-10-18 19:09:12
要做动力学的，研究的就是配体和蛋白之间的相互作用...

那动力学用什么软件做呢
赞一下 回复此楼
11楼2012-10-18 20:28:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by ruthxu at 2012-10-18 20:28:58
那动力学用什么软件做呢...

我们用Amber
回复此楼
12楼2012-10-19 09:24:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

幼河豚

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by ValYu at 2012-10-18 19:09:12
要做动力学的，研究的就是配体和蛋白之间的相互作用...

问一下大神，我们这边是打算把蛋白质和配体对接后的复合体拿去跑动力学，请问一下，MD能不能模拟出对接中的蛋白的外开口和内开口的变化？也就是问MD能不能模拟出对接时候的动态变化还有蛋白质的变形呢？
赞一下 回复此楼
13楼2015-04-20 21:34:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruoqiu.xiao

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主当初的想法实现了吗？
赞一下 回复此楼
14楼2016-05-26 09:00:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ValYu 的主题更新
141/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +8 路痴小琪 2026-04-05 8/400 2026-04-05 16:25 by imissbao
[考研] 304求调剂（085602，过四级，一志愿985） +15 化工人999 2026-04-04 15/750 2026-04-05 16:25 by 我是电风扇r
[考研] 0703调剂 +11 拾玖壹 2026-04-04 12/600 2026-04-05 10:29 by 果冻大王
[考研] 290求调剂085701 +10 1314捧花 2026-04-02 10/500 2026-04-05 10:19 by Sealedwind
[考研] 男生，一志愿沪9生物学071000，初试308求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:26 by barlinike
[考研] 285求调剂 +11 哦呦呼o 2026-04-04 11/550 2026-04-05 08:15 by 544594351
[考研] 11408,335分，本科211，求调剂，可转专业 +5 鳄梨大鳄鱼 2026-04-03 5/250 2026-04-04 22:49 by chongya
[考研] 340求调剂 +4 jhx777 2026-03-29 4/200 2026-04-04 20:08 by 无际的草原
[考研] 调剂0855-288 +5 x熊二a 2026-04-03 5/250 2026-04-04 00:19 by 猪会飞
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +39 洛神哥哥 2026-03-31 41/2050 2026-04-03 21:51 by qlm5820
[考研] 一志愿重庆大学085404，总分314分，求调剂 +4 zf83hn 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:25 by 啵啵啵0119
[考研] 293求调剂 +5 末未mm 2026-04-02 6/300 2026-04-03 15:20 by 王保杰33
[考研] 274求调剂 +9 顺理成张 2026-04-03 10/500 2026-04-03 15:10 by 啊俊！
[考研] 303求调剂 +3 一色清羽 2026-04-02 4/200 2026-04-03 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 调剂 +3 osbbx 2026-04-02 3/150 2026-04-03 07:47 by cc8418
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 085600，321分求调剂 +13 大馋小子 2026-03-31 13/650 2026-04-01 12:35 by chemdavid
[考研] 调剂申请 +8 张张张张zy 2026-03-31 9/450 2026-04-01 08:29 by zjbkx
[考研] 物理学调剂 +4 小羊36 2026-03-30 4/200 2026-03-31 16:16 by lishahe
[考研] 085602 化学工程专硕 340分求调剂 +4 qianbai11 2026-03-29 4/200 2026-03-30 11:34 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭