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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 用分子动力学模拟退火进行分子对接
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ValYu

银虫 (小有名气)

[交流] 用分子动力学模拟退火进行分子对接

我要处理一个蛋白和配体的对接，麻烦在于这个小分子配体是个大环结构，在Autodock之类的对接软件上无法柔性处理这个环，因此实际操作时总要预先准备一大堆构象进行多次对接，相当麻烦。

我的想法是利用模拟退火的原理，在Amber这样的分子动力学软件中处理这个体系，理论上只要平衡时间和退火时间足够长，一定能够得到全局能量最小值。

现在想听听各位对我这个构思的想法。我以docking或者simulated annealing为关键词搜出来的都是一些有关方法的文章，都是设计一个算法，然后用自己编写的软件实现，不怎么看得懂……另外如果用分子动力学就可以实现对接的话，还可以根据需要控制柔性，那些专门的对接软件又有什么优势呢？
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1楼2012-09-20 22:55:49
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fly00133

铁虫 (初入文坛)
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-21 10:15:09
ValYu: 金币+5, 嗯，我们师兄说这个东西精度较差…… 2012-09-22 20:46:12
用SYBYL中的Surfelx-Dock可以解决这个问题，他支持小分子配体环结构的柔性处理
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2楼2012-09-21 09:22:12
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Chengxm

至尊木虫 (职业作家)
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ValYu: 金币+2, 之前用的就是autodock，vina是什么东东？ 2012-09-22 20:47:12
autodock 和vina 不可以吗？
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3楼2012-09-21 11:15:47
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)
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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-09 22:43:10
ValYu: 金币+5, 感谢参与 2012-10-11 08:23:40
好想法，但是估计计算量会很大
这种方法对你初始把分子放到是么地方很敏感，初始位置不好直接跑出去了
所以要跑很多条轨迹
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4楼2012-10-09 22:01:55
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-10-09 22:01:55
好想法，但是估计计算量会很大
这种方法对你初始把分子放到是么地方很敏感，初始位置不好直接跑出去了
所以要跑很多条轨迹

我那个蛋白有一个闭合的活性空腔，把配体放进去就是了。如果仍然很麻烦的话，那可能还不如预先准备构象做对接了
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5楼2012-10-11 08:25:45
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
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ValYu: 金币+3 2012-10-11 10:51:03
专门的对接软件比起MD的优势就是快！呵呵~得到的不一定是全局最优的构象
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6楼2012-10-11 10:24:49
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ruthxu

金虫 (正式写手)
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楼主，做蛋白和配体的对接这样的体系，一般有多大，用什么软件呢？
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7楼2012-10-12 10:20:17
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ruthxu at 2012-10-12 10:20:17
楼主，做蛋白和配体的对接这样的体系，一般有多大，用什么软件呢？

我们的蛋白也就四五百个残基吧，对接一般就用Autodock
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ruthxu
8楼2012-10-14 11:05:38
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ruthxu

金虫 (正式写手)
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引用回帖:
8楼: Originally posted by ValYu at 2012-10-14 11:05:38
我们的蛋白也就四五百个残基吧，对接一般就用Autodock...

那对接后还进行动力学研究吗？我没有做过蛋白质体系，但很感兴趣，所以问题可能有点弱？呵呵
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9楼2012-10-15 10:31:59
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ruthxu at 2012-10-15 10:31:59
那对接后还进行动力学研究吗？我没有做过蛋白质体系，但很感兴趣，所以问题可能有点弱？呵呵...

要做动力学的，研究的就是配体和蛋白之间的相互作用
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10楼2012-10-18 19:09:12
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ruthxu

金虫 (正式写手)
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引用回帖:
10楼: Originally posted by ValYu at 2012-10-18 19:09:12
要做动力学的，研究的就是配体和蛋白之间的相互作用...

那动力学用什么软件做呢
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11楼2012-10-18 20:28:58
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by ruthxu at 2012-10-18 20:28:58
那动力学用什么软件做呢...

我们用Amber
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12楼2012-10-19 09:24:47
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幼河豚

新虫 (初入文坛)
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10楼: Originally posted by ValYu at 2012-10-18 19:09:12
要做动力学的，研究的就是配体和蛋白之间的相互作用...

问一下大神，我们这边是打算把蛋白质和配体对接后的复合体拿去跑动力学，请问一下，MD能不能模拟出对接中的蛋白的外开口和内开口的变化？也就是问MD能不能模拟出对接时候的动态变化还有蛋白质的变形呢？
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13楼2015-04-20 21:34:47
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ruoqiu.xiao

铁虫 (小有名气)
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请问楼主当初的想法实现了吗？
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14楼2016-05-26 09:00:45
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