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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 用分子动力学模拟退火进行分子对接
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ValYu

银虫 (小有名气)

[交流] 用分子动力学模拟退火进行分子对接

我要处理一个蛋白和配体的对接，麻烦在于这个小分子配体是个大环结构，在Autodock之类的对接软件上无法柔性处理这个环，因此实际操作时总要预先准备一大堆构象进行多次对接，相当麻烦。

我的想法是利用模拟退火的原理，在Amber这样的分子动力学软件中处理这个体系，理论上只要平衡时间和退火时间足够长，一定能够得到全局能量最小值。

现在想听听各位对我这个构思的想法。我以docking或者simulated annealing为关键词搜出来的都是一些有关方法的文章，都是设计一个算法，然后用自己编写的软件实现，不怎么看得懂……另外如果用分子动力学就可以实现对接的话，还可以根据需要控制柔性，那些专门的对接软件又有什么优势呢？
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1楼 2012-09-20 22:55:49
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-09 22:43:10
ValYu: 金币+5, 感谢参与 2012-10-11 08:23:40
好想法，但是估计计算量会很大
这种方法对你初始把分子放到是么地方很敏感，初始位置不好直接跑出去了
所以要跑很多条轨迹
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4楼2012-10-09 22:01:55
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fly00133

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-21 10:15:09
ValYu: 金币+5, 嗯，我们师兄说这个东西精度较差…… 2012-09-22 20:46:12
用SYBYL中的Surfelx-Dock可以解决这个问题，他支持小分子配体环结构的柔性处理
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2楼2012-09-21 09:22:12
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Chengxm

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
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ValYu: 金币+2, 之前用的就是autodock，vina是什么东东？ 2012-09-22 20:47:12
autodock 和vina 不可以吗？
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3楼2012-09-21 11:15:47
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-10-09 22:01:55
好想法，但是估计计算量会很大
这种方法对你初始把分子放到是么地方很敏感，初始位置不好直接跑出去了
所以要跑很多条轨迹

我那个蛋白有一个闭合的活性空腔，把配体放进去就是了。如果仍然很麻烦的话，那可能还不如预先准备构象做对接了
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5楼2012-10-11 08:25:45
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