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[交流]
用分子动力学模拟退火进行分子对接
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我要处理一个蛋白和配体的对接，麻烦在于这个小分子配体是个大环结构，在Autodock之类的对接软件上无法柔性处理这个环，因此实际操作时总要预先准备一大堆构象进行多次对接，相当麻烦。 我的想法是利用模拟退火的原理，在Amber这样的分子动力学软件中处理这个体系，理论上只要平衡时间和退火时间足够长，一定能够得到全局能量最小值。 现在想听听各位对我这个构思的想法。我以docking或者simulated annealing为关键词搜出来的都是一些有关方法的文章，都是设计一个算法，然后用自己编写的软件实现，不怎么看得懂……另外如果用分子动力学就可以实现对接的话，还可以根据需要控制柔性，那些专门的对接软件又有什么优势呢？ |
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 sybyl |
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送鲜花一朵
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-09 22:43:10
ValYu: 金币+5, 感谢参与 2012-10-11 08:23:40
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送鲜花一朵zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-09 22:43:10
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-21 10:15:09
ValYu: 金币+5, 嗯，我们师兄说这个东西精度较差…… 2012-09-22 20:46:12
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-21 10:15:09
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ValYu: 金币+2, 之前用的就是autodock，vina是什么东东？ 2012-09-22 20:47:12
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