24小时热门版块排行榜    

查看: 3468  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

ValYu

银虫 (小有名气)


[交流] 用分子动力学模拟退火进行分子对接

我要处理一个蛋白和配体的对接,麻烦在于这个小分子配体是个大环结构,在Autodock之类的对接软件上无法柔性处理这个环,因此实际操作时总要预先准备一大堆构象进行多次对接,相当麻烦。

我的想法是利用模拟退火的原理,在Amber这样的分子动力学软件中处理这个体系,理论上只要平衡时间和退火时间足够长,一定能够得到全局能量最小值。

现在想听听各位对我这个构思的想法。我以docking或者simulated annealing为关键词搜出来的都是一些有关方法的文章,都是设计一个算法,然后用自己编写的软件实现,不怎么看得懂……另外如果用分子动力学就可以实现对接的话,还可以根据需要控制柔性,那些专门的对接软件又有什么优势呢?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

sybyl

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Chengxm

至尊木虫 (职业作家)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
ValYu: 金币+2, 之前用的就是autodock,vina是什么东东? 2012-09-22 20:47:12
autodock 和vina 不可以吗?
3楼2012-09-21 11:15:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

fly00133

铁虫 (初入文坛)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-21 10:15:09
ValYu: 金币+5, 嗯,我们师兄说这个东西精度较差…… 2012-09-22 20:46:12
用SYBYL中的Surfelx-Dock可以解决这个问题,他支持小分子配体环结构的柔性处理
2楼2012-09-21 09:22:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-09 22:43:10
ValYu: 金币+5, 感谢参与 2012-10-11 08:23:40
好想法,但是估计计算量会很大
这种方法对你初始把分子放到是么地方很敏感,初始位置不好直接跑出去了
所以要跑很多条轨迹
4楼2012-10-09 22:01:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ValYu

银虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-10-09 22:01:55
好想法,但是估计计算量会很大
这种方法对你初始把分子放到是么地方很敏感,初始位置不好直接跑出去了
所以要跑很多条轨迹

我那个蛋白有一个闭合的活性空腔,把配体放进去就是了。如果仍然很麻烦的话,那可能还不如预先准备构象做对接了
5楼2012-10-11 08:25:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +12 archvillain 2026-08-15 23/1150 2026-08-15 20:47 by foyo404
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +7 Ldrop2023 2026-08-13 7/350 2026-08-15 15:57 by mzhh2000
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
请填处理意见