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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子动力学的时间
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asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学的时间

我想问问各位大神
你们跑分子动力学
一般运行时间是多长
我用DS做，已经跑了100多小时了
不知道是不是死循环了
最后production设置是800ps的
蛋白是90多个氨基酸
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1楼2013-04-01 11:16:00
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by asd724210 at 2013-04-03 14:35:56
谢谢
如果我把1ns的production分成两个500ps
这样可不可行
我怕一次跑太长时间会死循环
DS是装在win环境下的。。...

可以把1ns的模拟分成两段500ps进行。特别是你在WIN环境下，就更应该如此了。在DS做动力学那个模块中，应该有那个分段计算的选项。就是在计算过程中保存RESTRAT文件就OK了，然后在第二个500ps模拟时候，调用上步的RESTART文件。
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努力的生活着
10楼2013-04-05 16:34:08
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-02 08:24:38
你是用的哪个模块跑动力学的？我用的forcite模块1000ps也就八九个小时，不过我的体系比较小（一共600多个原子），那你跑动力学这么长时间进度有变化吗？我感觉用不了这么长时间吧！
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2楼2013-04-01 11:38:11
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asd724210

银虫 (初入文坛)
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-02 08:25:12
chaizhm: 金币-1 2013-04-02 08:25:39
引用回帖:
2楼: Originally posted by tylgd2011 at 2013-04-01 11:38:11
你是用的哪个模块跑动力学的？我用的forcite模块1000ps也就八九个小时，不过我的体系比较小（一共600多个原子），那你跑动力学这么长时间进度有变化吗？我感觉用不了这么长时间吧！

我用的是standard dynamics cascade
进度有变化
到最后一步了
可是这一步运行时间按比之前几步总和都要长
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3楼2013-04-01 14:43:12
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yezhongfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我用的是standard dynamics cascade
进度有变化
到最后一步了
可是这一步运行时间按比之前几步总和都要长
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希望若不熄灭，便会亮成心中的星光
4楼2013-04-01 18:07:40
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