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chenjingzhi

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟计算自由能都有哪些方法? 已有2人参与

看Frenkel的书上有提到热力学积分法、Widom粒子插入法以及伞形抽样法,但是作者没有提及这些方法哪些使用于MC,而哪些使用于MD,我做的是MD模拟,请问用MD来计算化学势都有哪些方法,它们是如何操作的?
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

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chenjingzhi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-20 17:57:44
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-05-30 19:12:49
这些方法MD和MC都适用,一般都是读取轨迹文件然后进行计算。

Widom Insertion是计算化学势比较经典的方法,Frenkel的书上有伪代码。
2楼2014-05-20 11:53:03
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fhh2626

木虫 (正式写手)

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chenjingzhi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-20 17:57:54
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-05-30 19:12:54
只计算自由能差的话有FEP和TI方法

计算PMF的话可以有umbrella sampling,ABF,metadynamics,SMD等等。。
3楼2014-05-20 13:39:44
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2014-05-20 11:53:03
这些方法MD和MC都适用,一般都是读取轨迹文件然后进行计算。

Widom Insertion是计算化学势比较经典的方法,Frenkel的书上有伪代码。

谢谢,我再仔细看看
4楼2014-05-20 17:57:31
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cuso4852cuoh

新虫 (小有名气)

送红花一朵
楼主,您自由能算的怎么样,求指点下啊,我Q57436912,或者您给我留个Q
5楼2019-03-13 18:44:01
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