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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子动力学模拟计算自由能都有哪些方法？
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟计算自由能都有哪些方法？ 已有2人参与

看Frenkel的书上有提到热力学积分法、Widom粒子插入法以及伞形抽样法，但是作者没有提及这些方法哪些使用于MC，而哪些使用于MD，我做的是MD模拟，请问用MD来计算化学势都有哪些方法，它们是如何操作的？
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cuso4852cuoh

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1楼 2014-05-20 11:29:19
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

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chenjingzhi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-20 17:57:44
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:12:49
这些方法MD和MC都适用，一般都是读取轨迹文件然后进行计算。

Widom Insertion是计算化学势比较经典的方法，Frenkel的书上有伪代码。
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2楼2014-05-20 11:53:03
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenjingzhi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-20 17:57:54
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:12:54
只计算自由能差的话有FEP和TI方法

计算PMF的话可以有umbrella sampling,ABF,metadynamics,SMD等等。。
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3楼2014-05-20 13:39:44
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chenjingzhi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2014-05-20 11:53:03
这些方法MD和MC都适用，一般都是读取轨迹文件然后进行计算。

Widom Insertion是计算化学势比较经典的方法，Frenkel的书上有伪代码。

谢谢，我再仔细看看
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4楼2014-05-20 17:57:31
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cuso4852cuoh

新虫 (小有名气)
送红花一朵
楼主，您自由能算的怎么样，求指点下啊，我Q57436912，或者您给我留个Q
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5楼2019-03-13 18:44:01
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