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chenjingzhi

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[求助] 分子动力学模拟轨迹文件格式的选择问题已有2人参与

如果分子信息的文件我是用PDB和PSF，根据VMD教程，轨迹文件使用的是DCD文件格式，但是DCD文件格式是二进制的文件，因此作为自编程的人来说不论是读取还是写入都比较困难，请问是不是PDB搭配PSF只能使用DCD轨迹文件，如果不是那么轨迹文件都有哪些选择呢，哪一些比较容易读写？如果只能搭配DCD文件格式，请问DCD文件格式如何进行读写。谢谢。

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1楼 2014-05-22 11:45:13

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chenjingzhi

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引用回帖:

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-05-22 14:50:30
干嘛要那么麻烦啊？
VMD自己带的tcl脚本程序就能读取DCD文件里的信息啊

mol load psf kkkk.psf dcd kkkkkkkkk.dcd 就可载入
然后根据自己需要，读取相应的信息即可。

不好意思，可能我没说清楚吧，我是想生成DCD文件，把我的轨迹写成DCD格式的文件，所以我想了解DCD文件如何生成，或者有没有其他的格式的文件也能用于记录模拟的轨迹。