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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子动力学模拟“边界问题”含义
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lmyiop

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟“边界问题”含义 已有3人参与

请问分子动力学模拟里的“边界问题”是什么意思？
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1楼 2014-03-01 13:21:55
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lmyiop: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-04 12:18:55
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-04 16:53:59
通俗地讲就是水盒子周期性边界喽，在动力学模拟中两个原子间距离小于14~12A 就视为存在相互作用力，在跑动力学时为了排除其他分子对本分子的干扰，假定存在一个水盒子，这个水盒子各边界到分子的距离都需要保证超过7~6A ，然后单独把这个水盒子和盒子里面的分子拿出来跑动力学，基本上这个体系就是一个那个什么孤立体系，这种简化设定就是所谓的周期性边界，就是一种简化计算的方法而已
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
7楼2014-03-03 21:31:57
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普通回帖

巧帅之风

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-02 18:21:45
你是指常提到的周期性边界条件中的边界问题，还是指向对于内部的表面或界面问题？
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无冥冥之志者，无昭昭之明；无?�?钢抡撸藓蘸罩Α�
2楼2014-03-02 10:13:30
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lmyiop

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 巧帅之风 at 2014-03-02 10:13:30
你是指常提到的周期性边界条件中的边界问题，还是指向对于内部的表面或界面问题？

周期性边界条件中的边界问题
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3楼2014-03-03 09:13:03
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lmyiop

金虫 (小有名气)
是周期性边界条件中的边界问题
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4楼2014-03-03 09:13:17
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Easony

至尊木虫 (知名作家)

老顽童
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 应助指数-1, 鼓励参与讨论，但非应助，请勿选择应助回帖！ 2014-03-03 20:24:28
最近研究表明，肿瘤在细胞形态发生明显变化之前，其分子水平及生化代谢水平方面已发生异常改变，出现功能异常的癌基因产物或产物表达增强。因此，探寻一种更为准确的判定方法，从而明确手术切缘的性质就具有重要的理论价值和临床意义，手术切缘的分子边界（molecular margins）这一概念也就随之产生。
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自信，坚持，善良，真实，简单生活，敢爱敢恨！
5楼2014-03-03 09:34:07
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-03 20:22:35
lmyiop: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-04 12:18:50
引用回帖:
4楼: Originally posted by lmyiop at 2014-03-03 09:13:17
是周期性边界条件中的边界问题

周期性边界条件是边界条件的一种，反映的是如何利用边界条件替代所选部分（系统）受到周边（环境）的影响。可以看作是如果去掉周边环境，保持该系统不变应该附加的条件，也可以看作是由部分的性质来推广表达全局的性质。
分子动力学模拟中周期性边界条件的引入，主要有两个目的：在粒子的运动过程中，若有一个或几个粒子跑出模型，则必有一个或几个粒子从相反的界面回到模型中，从而保证该模拟系统的粒子数恒定；计算原子间作用力的时候采取最近镜像方法，这样模型中处于边界处的原子受力就比较全面，从而消除了边界效应。
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6楼2014-03-03 16:01:51
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lmyiop

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Easony at 2014-03-03 09:34:07
最近研究表明，肿瘤在细胞形态发生明显变化之前，其分子水平及生化代谢水平方面已发生异常改变，出现功能异常的癌基因产物或产物表达增强。因此，探寻一种更为准确的判定方法，从而明确手术切缘的性质就具有重要的理 ...

我说的是分子动力学的问题，与肿瘤无关。
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8楼2014-03-04 12:19:43
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巧帅之风

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-05 08:19:45
引用回帖:
3楼: Originally posted by lmyiop at 2014-03-03 09:13:03
周期性边界条件中的边界问题...

分子动力学模拟的原子数目有限，选取的初始构型大小受到限制。为节省运算效率，简化运算，同时保证考虑到整体的性质，通常选取适当的周期性边界条件——使得当构型中的原子从一个边界运动出去，就从另一个相对的边界进入构型，类似镜像关系，从而保证模拟的原子数目不变且能尽可能反映实际体系的整体特征。
      6、7楼说法都在理。lz可以作参考，具体周期性边界的定义很容易查，在物理学中涉及的比较多。定义不重要，关键在于自己的理解了。
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无冥冥之志者，无昭昭之明；无?�?钢抡撸藓蘸罩Α�
9楼2014-03-04 21:40:31
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chuntao118

新虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 18:29:52
通常指的是周期边界，以及具体问题的某些固定边界。
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10楼2014-05-03 17:04:27
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