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分子动力学模拟“边界问题”含义 已有3人参与
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| 请问分子动力学模拟里的“边界问题”是什么意思？ |
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monsoncupid
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【答案】应助回帖
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| 通俗地讲就是水盒子周期性边界喽，在动力学模拟中两个原子间距离小于14~12A 就视为存在相互作用力，在跑动力学时为了排除其他分子对本分子的干扰，假定存在一个水盒子，这个水盒子各边界到分子的距离都需要保证超过7~6A ，然后单独把这个水盒子和盒子里面的分子拿出来跑动力学，基本上这个体系就是一个那个什么孤立体系，这种简化设定就是所谓的周期性边界，就是一种简化计算的方法而已 |
7楼2014-03-03 21:31:57
2楼2014-03-02 10:13:30
3楼2014-03-03 09:13:03
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Easony
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5楼2014-03-03 09:34:07
xueer小雯
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【答案】应助回帖
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周期性边界条件是边界条件的一种，反映的是如何利用边界条件替代所选部分（系统）受到周边（环境）的影响。可以看作是如果去掉周边环境，保持该系统不变应该附加的条件，也可以看作是由部分的性质来推广表达全局的性质。 分子动力学模拟中周期性边界条件的引入，主要有两个目的：在粒子的运动过程中，若有一个或几个粒子跑出模型，则必有一个或几个粒子从相反的界面回到模型中，从而保证该模拟系统的粒子数恒定；计算原子间作用力的时候采取最近镜像方法，这样模型中处于边界处的原子受力就比较全面，从而消除了边界效应。 |
6楼2014-03-03 16:01:51
8楼2014-03-04 12:19:43
9楼2014-03-04 21:40:31
chuntao118
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10楼2014-05-03 17:04:27