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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子动力学模拟“边界问题”含义
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lmyiop

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟“边界问题”含义 已有3人参与

请问分子动力学模拟里的“边界问题”是什么意思？
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1楼 2014-03-01 13:21:55
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巧帅之风

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-05 08:19:45
引用回帖:
3楼: Originally posted by lmyiop at 2014-03-03 09:13:03
周期性边界条件中的边界问题...

分子动力学模拟的原子数目有限，选取的初始构型大小受到限制。为节省运算效率，简化运算，同时保证考虑到整体的性质，通常选取适当的周期性边界条件——使得当构型中的原子从一个边界运动出去，就从另一个相对的边界进入构型，类似镜像关系，从而保证模拟的原子数目不变且能尽可能反映实际体系的整体特征。
      6、7楼说法都在理。lz可以作参考，具体周期性边界的定义很容易查，在物理学中涉及的比较多。定义不重要，关键在于自己的理解了。
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无冥冥之志者，无昭昭之明；无?�?钢抡撸藓蘸罩Α�
9楼2014-03-04 21:40:31
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巧帅之风

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-02 18:21:45
你是指常提到的周期性边界条件中的边界问题，还是指向对于内部的表面或界面问题？
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无冥冥之志者，无昭昭之明；无?�?钢抡撸藓蘸罩Α�
2楼2014-03-02 10:13:30
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lmyiop

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 巧帅之风 at 2014-03-02 10:13:30
你是指常提到的周期性边界条件中的边界问题，还是指向对于内部的表面或界面问题？

周期性边界条件中的边界问题
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3楼2014-03-03 09:13:03
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lmyiop

金虫 (小有名气)
是周期性边界条件中的边界问题
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4楼2014-03-03 09:13:17
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