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nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] VMD 动态成键 如何定义成断键

请教大家一下VMD如何实现动态成键? 没有搜到原来的帖子
可以定义规定距离原子成键 超过后断键吗?
尝试用MD跑了10ps,用VMD看结果
原来成键的,现在离得十万八千里还成键(CPK显示方式),而应该成键的却没有成键。VMD通过什么可以修改吗?
刚开始跑动力学,软件都还不熟悉,VMD太精深了,还没有入门,太菜了。
先谢谢大家的帮助。

[ Last edited by nnipp on 2011-11-29 at 17:35 ]
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功不唐捐
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

nnipp(金币+20): 谢谢指点 2011-12-01 11:48:31
引用回帖:
9楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-30 20:04:08:
我是用从头算分子动力学CP2K
是可以计算成断键的
据说VMD可以实现动态成键
就是规定距离自动成断键
能请教一下PSF如何定义吗?
没有用过这个
多谢帮助

更改一下显示方式就可以了
把draw methods 改为DynamicBonds ,然后右边有定义成键的键长

psf文件是在NAMD模拟中用到拓扑文件,包含了成键情况,这对从头分子动力学应该没用
10楼2011-12-01 10:36:14
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普通回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

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2楼2011-11-29 17:36:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
zh1987hs(金币+2): 我也遇到过类似的问题~哈哈 2011-11-29 21:14:55
chaizhm(金币+1): 2011-11-29 23:44:49
"离得十万八千里还成键" ?
这是不是因为周期边界条件的原因啊?要是周期边界条件的话,用VMD显示的时候,就会出现两原子之间所成键长横跨模拟区域
3楼2011-11-29 21:06:02
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nnipp

金虫 (小有名气)

1应该和2成键
2和3成键
VMD显示1-3成键 2-3成键





功不唐捐
4楼2011-11-30 10:24:58
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nnipp

金虫 (小有名气)

这个键让VMD连得细碎细碎的
唉~
求动态成键方法或脚本
功不唐捐
5楼2011-11-30 10:32:15
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nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-29 21:06:02:
"离得十万八千里还成键" ?
这是不是因为周期边界条件的原因啊?要是周期边界条件的话,用VMD显示的时候,就会出现两原子之间所成键长横跨模拟区域

我把他们用VMD给wrap到一个盒子里还是不行见上图
功不唐捐
6楼2011-11-30 10:39:30
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-30 10:39:30:
我把他们用VMD给wrap到一个盒子里还是不行见上图

我这里看不到你的图
7楼2011-11-30 10:59:34
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2011-11-30 20:31:31
MD不能模拟成键和断键的反应吧
VMD里面键的定义式通过psf文件的
8楼2011-11-30 19:00:16
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nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by fmtzhangli at 2011-11-30 19:00:16:
MD不能模拟成键和断键的反应吧
VMD里面键的定义式通过psf文件的

我是用从头算分子动力学CP2K
是可以计算成断键的
据说VMD可以实现动态成键
就是规定距离自动成断键
能请教一下PSF如何定义吗?
没有用过这个
多谢帮助
功不唐捐
9楼2011-11-30 20:04:08
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