应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD 动态成键 如何定义成断键
121/2返回列表12下一页
查看: 4979  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] VMD 动态成键 如何定义成断键

请教大家一下VMD如何实现动态成键？ 没有搜到原来的帖子
可以定义规定距离原子成键 超过后断键吗？
尝试用MD跑了10ps，用VMD看结果
原来成键的，现在离得十万八千里还成键（CPK显示方式），而应该成键的却没有成键。VMD通过什么可以修改吗？
刚开始跑动力学，软件都还不熟悉，VMD太精深了，还没有入门，太菜了。
先谢谢大家的帮助。

[ Last edited by nnipp on 2011-11-29 at 17:35 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
功不唐捐
1楼 2011-11-29 09:27:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

nnipp(金币+20): 谢谢指点 2011-12-01 11:48:31
引用回帖:
9楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-30 20:04:08:
我是用从头算分子动力学CP2K
是可以计算成断键的
据说VMD可以实现动态成键
就是规定距离自动成断键
能请教一下PSF如何定义吗？
没有用过这个
多谢帮助

更改一下显示方式就可以了
把draw methods 改为DynamicBonds ，然后右边有定义成键的键长

psf文件是在NAMD模拟中用到拓扑文件，包含了成键情况，这对从头分子动力学应该没用
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-12-01 10:36:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
追加10个币
高手指点一下
赞一下 回复此楼
功不唐捐
2楼2011-11-29 17:36:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+2): 我也遇到过类似的问题~哈哈 2011-11-29 21:14:55
chaizhm(金币+1): 2011-11-29 23:44:49
"离得十万八千里还成键" ？
这是不是因为周期边界条件的原因啊？要是周期边界条件的话，用VMD显示的时候，就会出现两原子之间所成键长横跨模拟区域
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-11-29 21:06:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
1应该和2成键
2和3成键
VMD显示1-3成键 2-3成键
赞一下 回复此楼
功不唐捐
4楼2011-11-30 10:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
这个键让VMD连得细碎细碎的
唉~
求动态成键方法或脚本
赞一下 回复此楼
功不唐捐
5楼2011-11-30 10:32:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-29 21:06:02:
"离得十万八千里还成键" ？
这是不是因为周期边界条件的原因啊？要是周期边界条件的话，用VMD显示的时候，就会出现两原子之间所成键长横跨模拟区域

我把他们用VMD给wrap到一个盒子里还是不行见上图
赞一下 回复此楼
功不唐捐
6楼2011-11-30 10:39:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by nnipp at 2011-11-30 10:39:30:
我把他们用VMD给wrap到一个盒子里还是不行见上图

我这里看不到你的图
赞一下 回复此楼
7楼2011-11-30 10:59:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2011-11-30 20:31:31
MD不能模拟成键和断键的反应吧
VMD里面键的定义式通过psf文件的
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2011-11-30 19:00:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fmtzhangli at 2011-11-30 19:00:16:
MD不能模拟成键和断键的反应吧
VMD里面键的定义式通过psf文件的

我是用从头算分子动力学CP2K
是可以计算成断键的
据说VMD可以实现动态成键
就是规定距离自动成断键
能请教一下PSF如何定义吗？
没有用过这个
多谢帮助
赞一下 回复此楼
功不唐捐
9楼2011-11-30 20:04:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nnipp 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+3 Tsingking1 2026-08-27 14/700 2026-09-01 08:29 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭