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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD 动态成键 如何定义成断键
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nnipp

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by fmtzhangli at 2011-12-01 10:36:14:
更改一下显示方式就可以了
把draw methods 改为DynamicBonds ，然后右边有定义成键的键长

psf文件是在NAMD模拟中用到拓扑文件，包含了成键情况，这对从头分子动力学应该没用

原来如此，非常感谢！
再请教一下，可以用CPK方式显示这种动态成键吗？另外对不同键类型可以分别定义成键距离吗？
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功不唐捐
11楼2011-12-01 11:47:21
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by nnipp at 2011-12-01 11:47:21:
原来如此，非常感谢！
再请教一下，可以用CPK方式显示这种动态成键吗？另外对不同键类型可以分别定义成键距离吗？

CPK方式显示应该不行，

另外对不同键类型可以分别定义成键距离吗？
这个你可以一个selection只选择成键的两个原子，然后设定cutoff
赞一下(3人) 回复此楼
12楼2011-12-02 16:52:47
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