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nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] VMD 动态成键 如何定义成断键

请教大家一下VMD如何实现动态成键? 没有搜到原来的帖子
可以定义规定距离原子成键 超过后断键吗?
尝试用MD跑了10ps,用VMD看结果
原来成键的,现在离得十万八千里还成键(CPK显示方式),而应该成键的却没有成键。VMD通过什么可以修改吗?
刚开始跑动力学,软件都还不熟悉,VMD太精深了,还没有入门,太菜了。
先谢谢大家的帮助。

[ Last edited by nnipp on 2011-11-29 at 17:35 ]
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功不唐捐
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nnipp

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-29 21:06:02:
"离得十万八千里还成键" ?
这是不是因为周期边界条件的原因啊?要是周期边界条件的话,用VMD显示的时候,就会出现两原子之间所成键长横跨模拟区域

我把他们用VMD给wrap到一个盒子里还是不行见上图
功不唐捐
6楼2011-11-30 10:39:30
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nnipp

金虫 (小有名气)

追加10个币
高手指点一下
功不唐捐
2楼2011-11-29 17:36:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
zh1987hs(金币+2): 我也遇到过类似的问题~哈哈 2011-11-29 21:14:55
chaizhm(金币+1): 2011-11-29 23:44:49
"离得十万八千里还成键" ?
这是不是因为周期边界条件的原因啊?要是周期边界条件的话,用VMD显示的时候,就会出现两原子之间所成键长横跨模拟区域
3楼2011-11-29 21:06:02
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nnipp

金虫 (小有名气)

1应该和2成键
2和3成键
VMD显示1-3成键 2-3成键





功不唐捐
4楼2011-11-30 10:24:58
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