查看: 5006  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

[求助] VMD 动态成键 如何定义成断键

请教大家一下VMD如何实现动态成键? 没有搜到原来的帖子
可以定义规定距离原子成键 超过后断键吗?
尝试用MD跑了10ps,用VMD看结果
原来成键的,现在离得十万八千里还成键(CPK显示方式),而应该成键的却没有成键。VMD通过什么可以修改吗?
刚开始跑动力学,软件都还不熟悉,VMD太精深了,还没有入门,太菜了。
先谢谢大家的帮助。

[ Last edited by nnipp on 2011-11-29 at 17:35 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

功不唐捐
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
zh1987hs(金币+2): 我也遇到过类似的问题~哈哈 2011-11-29 21:14:55
chaizhm(金币+1): 2011-11-29 23:44:49
"离得十万八千里还成键" ?
这是不是因为周期边界条件的原因啊?要是周期边界条件的话,用VMD显示的时候,就会出现两原子之间所成键长横跨模拟区域
3楼2011-11-29 21:06:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

nnipp

金虫 (小有名气)

追加10个币
高手指点一下
功不唐捐
2楼2011-11-29 17:36:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

1应该和2成键
2和3成键
VMD显示1-3成键 2-3成键





功不唐捐
4楼2011-11-30 10:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnipp

金虫 (小有名气)

这个键让VMD连得细碎细碎的
唉~
求动态成键方法或脚本
功不唐捐
5楼2011-11-30 10:32:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 6/300 2026-09-02 23:59 by rM1TE0WVDIIY
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 3/150 2026-09-02 22:50 by rM1TE0WVDIIY
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +14 Kittylucky 2026-08-27 15/750 2026-09-02 19:35 by liumei0601
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +7 瞬息宇宙 2026-09-01 14/700 2026-09-02 17:33 by ma0526
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
信息提示
请填处理意见